Auf der S-Bahn-Linie S1 zwischen München und dem Münchner Flughafen ist die Streckensperrung zwischen Moosach und Oberschleißheim wieder aufgehoben worden. Ein Zug der S1 wurde in der Nacht bei Feldmoching von einem Blitz getroffen. etwa 125 Passagiere musste von Feuerwehr und Bundespolizei aus der Bahn befreit werden. Wegen Unwetterschäden wurde am frühen Montagmorgen ein Schienenersatzverkehr mit Großraumtaxis eingerichtet.
Am Nachmittag teilte die Bahn mit, dass der Zugverkehr wieder aufgenommen werden könne. Passagiere müssen aber noch mit Folgeverzögerungen rechnen und damit, dass einzelne Verbindungen ganz ausfallen.
Mit Fabienne ist am Sonntagabend und in der Nacht der erste schwere Herbststurm über Bayern hinweggefegt. In Oberfranken wurde eine Frau von einem Baum erschlagen, vielerorts wurden Dächer abgedeckt, Bäume stürzten um, es kam zu Stromausfällen.
Beim Oktoberfest warnte die Festleitung gegen 19.20 Uhr erstmals die Besucher vor dem heranziehenden Unwetter. Später empfahl sie den Besuchern, "den Besuch im Außenbereich des Festgeländes zu unterbrechen".
Auch der Fernverkehr der Deutschen Bahn war von dem Unwetter betroffen: Zwischen Erfurt und Nürnberg - auf der DB-Prestigestrecke Berlin-München - war zeitweise kein Verkehr möglich, hieß es von der Bahn. Die ICE-Züge wurden zurückgehalten. Auch auf den Strecken Aschaffenburg-Würzburg und Würzburg-Nürnberg kam es zu Behinderungen.