Der Tunnelbau ist in drei Hauptbauabschnitte unterteilt - für alle drei hat das Eisenbahnbundesamt (EBA) die Baugenehmigung, den "Planfeststellungsbeschluss", erteilt. In allen drei Abschnitten allerdings wehrten sich Anwohner und Geschäftsleute mit Klagen. So erstritten die Gewerbetreibenden am Marienhof vor Gericht eine bis zu viereinhalb Meter hohe Lärmschutzwand, mit der die Deutsche Bahn (DB) die Geschäfte und deren Kunden während der Bauzeit abschirmen muss. Im mittleren Abschnitt wurden damit alle Klagen schon vor Jahren erledigt. Der Planfeststellungsbeschluss ist dort bestandskräftig, die DB besitzt Baurecht.
In den Abschnitten östlich und westlich davon sind die Juristen noch nicht so weit: Derzeit laufen noch Klagen von Unternehmern rund um den Hauptbahnhof sowie eine Klage des Backstage-Betreibers - da geht es unter anderem darum, dass die DB ihre Laster auf einer Baustraße quer über das Backstage-Gelände führen will. Der Backstage-Chef sieht seinen Betrieb gefährdet. Im östlichen Abschnitt haben insgesamt sechs Anwohner und Gewerbetreibende aus Haidhausen geklagt, um das Tunnelprojekt zu stoppen. Sie befürchten Belastungen durch Lärm und Erschütterungen, nicht nur während der Bauzeit, sondern auch während des laufenden Bahnbetriebs - und damit deutliche Wertminderungen ihres Eigentums. Aber selbst die eingeschalteten Anwälte sind eher pessimistisch: Da die Verwaltungsgerichte meist versuchen, Kompromisse zu finden oder Auflagen zu erlassen, dürfte es eher unwahrscheinlich sein, dass das Projekt auf dem Klageweg gestoppt wird.