Der Airbus A320 der Egypt Air war auf dem Weg von Paris nach Kairo. Nach Angabe der Airline war Flug MS804 am späten Mittwochabend mit etwa 25 Minuten Verspätung um 23.09 Uhr in der französischen Hauptstadt am Flughafen Charles de Gaulle gestartet und wurde um 3.15 in Kairo erwartet.
Die Maschine habe etwa 16 Kilometer in ägyptischem Luftraum zurückgelegt, bevor sie rund 280 Kilometer vor der ägyptischen Küste vom Radar verschwand. Zu diesem Zeitpunkt soll sie in einer Höhe von etwa elf Kilometern geflogen sein.
Laut Eurocontrol, der Europäischen Organisation zur Sicherung der Luftfahrt, gab es in dem Gebiet, in dem das Flugzeug verschwunden war, keine Unwetter.