Zwar lassen Ausbrüche immer wieder etwas anderes vermuten, doch eigentlich ist der Kampf gegen die Salmonellen eine der großen Erfolgsgeschichten des deutschen Seuchenschutzes. 1990 sind nach Angaben des Berliner Robert-Koch-Instituts 200 000 Menschen in Deutschland erkrankt. Im vergangenen Jahr waren es 16 222, von denen 2295 in Bayern lebten.
Kaum ein anderer Erreger wurde in so kurzer Zeit so weit zurückgedrängt. Der Hauptgrund dürfte verbesserte Hygiene sein - im Stall und in den Küchen. Im Rahmen des europäischen Salmonella-Bekämpfungsprogrammes wurden 2013 insgesamt 32 000 Geflügelherden in Deutschland untersucht. In 482 Fällen fanden die Kontrolleure Salmonellen, insgesamt seien die Zahlen rückläufig, heißt es in dem Bericht des Bundesinstituts für Risikobewertung, nur bei den Legehennen und bei den Zuchtputen gab es einen Anstieg. Schweinefleisch hat als Überträgermedium von Salmonellen an Bedeutung verloren. Die meisten Infektionen, so sie sich denn zu ihrem Ursprung zurückverfolgen lassen, sind verursacht durch Geflügelprodukte.
Um Salmonellen vorzubeugen, müssen die Halter der Tiere vor allem für Sauberkeit in den Ställen sorgen. Alle Menschen, die Kontakt zu den Tieren haben, müssen Schutzkleidung tragen. Über Besucher ist Buch zu führen, alle Angestellten sollen sich mindestens einmal im Jahr auf Salmonellen untersuchen lassen, um auszuschließen, dass ein sogenannter Dauerausscheider, der nichts von der Infektion mitbekommt, die Tiere immer wieder neu infiziert. Weil auch das Futter ein potenzieller Überträger der Erreger ist, sollen regelmäßig Proben genommen werden, um im Verdachtsfall die Quelle aufspüren zu können. Mäuse und Ratten müssen bekämpft werden und auch Ungeziefer wie Milben kommen als Überträger in Betracht, weshalb auch gegen sie vorgegangen werden muss.
Tote oder offensichtlich kranke Tiere gilt es schnellstmöglich aus dem Stall zu entfernen. Laut Leitfaden "Salmonellenbekämpfung bei Legehennen" des Zentralverbands der Deutschen Geflügelwirtschaft solle das "täglich" geschehen. Diese Vorgabe wird jedoch nicht immer eingehalten, wie Stichproben von Kontrolleuren und heimlich aufgenommene Videos von Aktivisten regelmäßig zeigen.
Werden Salmonellen in einem Bestand gefunden, hilft nur: noch mehr Sauberkeit. Der Stall muss gereinigt und desinfiziert werden, eine bakteriologische Untersuchung muss den Erfolg der Maßnahme bestätigen, bevor die Tiere wieder hineingetrieben werden dürfen. Die zuständige Behörde kann auch eine Impfung oder eine Tötung der Herde anordnen. Eier aus solchen Beständen dürfen nicht mehr in den normalen Handel gelangen, sondern müssen entweder von spezialisierten Unternehmen verarbeitet oder vernichtet werden.
Meist scheiden die infizierten Tiere die Erreger mit dem Kot aus, ohne selbst Symptome zu zeigen. Zum Beispiel über kontaminierte Eierschalen gelangen die Erreger erst in die Küche und durch schlechte Hygiene in die Nahrung des Menschen. Nach einer Infektion der Eileiter oder Eierstöcke des Huhns können die Erreger aber auch ins Innere des Eis gelangen. Dagegen hilft nur, sie wirklich durchzugaren.
Anhand ihrer genetischen Fingerabdrücke lassen sich etwa 2500 Salmonellen-Typen unterschieden. Nicht alle stammen von Tieren und nicht alle bereiten Menschen Probleme. Im Fall Bayern-Ei handelt es sich um Salmonella enteritidis vom Typ LT14b, der bislang in Deutschland nur vereinzelt aufgespürt wurde. Von Tieren stammende Salmonellen können Brechdurchfall auslösen. Bei Menschen mit sehr schwachem Immunsystem, bei Kleinkindern und Alten kann eine Infektion tödlich verlaufen.