1 Der nördlichste Abschnitt rund um den Wolfratshauser Bahnhof war der umstrittenste. Vor allem die Querung der Gleise mit der Sauerlacher Straße hat Planern und Politikern am meisten Kopfzerbrechen bereitet. Schon im Raumordnungsverfahren als Grundlage der weiteren Planungen war für die Stelle von einem Gleistunnel die Rede. Später präsentierte die Bahn auch andere Varianten, bis sie sich Ende 2009 auf einen Bahnübergang mit Schranke als einzig bezahlbare Lösung festlegte. Diese Schranke jedoch lehnten die Wolfratshauser vehement ab, weil sie ein Verkehrschaos auf der viel befahrenen Straße und damit in der ganzen Stadt befürchteten. In einem Bürgerentscheid gaben sie 2010 mit mehr als 80 Prozent der Stimmen ihrer Stadt den Auftrag, alle politischen und juristischen Mittel gegen eine Schranke auszuschöpfen. Der Wolfratshauser Hans Gärtner lieferte mit einem privaten Entwurf den Anlass für Verkehrsminister Joachim Herrmann (CSU), 2014 die Tunnel-Planung neu angehen zu lassen.
Vorgesehen ist nun eine kombinierte Tunnel- und Troglösung, bei der sich die Trasse von München her ab der Unterführung des Mühlpointwegs zweigleisig in einem offenen Trog absenkt und ab der Sauerlacher Straße in einem etwa 280 Meterlangen Tunnel verschwindet. In diesem Tunnel soll ein Tiefbahnhof mit Mittelbahnsteig liegen, der von seinen beiden Enden her mit Treppen und Aufzügen erreichbar ist, also weiterhin auch von nördlich der Sauerlacher Straße. Das bestehende Industriegleis bleibt durchgängig oberirdisch und rückt näher an die Häuser heran - auf Kosten des Radwegs vom Gleisdreieck Richtung Sauerlacher Straße, der stattdessen auf dem Tunnel quert und eine Verbindung zur Karwendelstraße erhält. Der Tunnel mündet auf halbem Weg zwischen Sauerlacher und Königsdorfer Straße wieder in einen offenen Trog, der sich unter der Königsdorfer Straße hindurch zieht. Nach insgesamt etwa einem Kilometer ist die S 7 dann wieder an der Oberfläche angelangt, um bald anzusteigen und den Autobahnzubringer zu überqueren.
Die Wolfratshauser Seite hätte sich von der Neuplanung weniger Trog und mehr Tunnel erhofft, um die so entstehende Fläche nutzen zu können und ein Zerschneiden des Stadtgebiets zu verhindern. Sie verlangt nun wenigstens die Möglichkeit, über die Karwendelstraße die bisher unbebauten 15 000 Quadratmeter Grund im Gleisdreieck zu erschließen, die sie vor langer Zeit geerbt hat, um dort Wohnraum für einheimische Familien zu schaffen. Zusätzliche Flächen könnten in Wolfratshausen allenfalls durch ein Verlegen des Güterumschlagpunktes Richtung München oder Geretsried sowie anstelle des jetzigen Bahnhofsgebäudes entstehen. Der Busbahnhof und die Pendler-Parkplätze bleiben nach jetziger Planung bestehen.