Die hohen Temperaturen der vergangenen Wochen wirken sich auch auf die Seen und Fließgewässer im Fünfseenland aus. Der Lüßbach etwa ist inzwischen völlig ausgetrocknet. Vor drei Wochen begann der Wasserstand kritisch zu werden, und Passanten entdeckten in einer Senke mehrere Forellen, die sich offenbar nicht mehr selbst retten konnten. Daraufhin informierten sie die Gemeinde Münsing und siedelten die Fische kurzerhand in den Starnberger See um. Katrin Knief vom Wasserwirtschaftsamt Weilheim meint, dass derart niedrige Pegelstände nach Trockenperioden wie in diesem Jahr keine Seltenheit seien. Abgesehen vom Lüßbach sind jedoch noch einige weitere kleinere Bäche und Flüsse im Alpenvorland trocken gefallen. Auch der Tutzinger Kalkgraben und der Herrschinger Kienbach führen derzeit nur noch sehr wenig Wasser.
In den größeren Gewässern aber haben die Fische noch genug Rückzugsmöglichkeiten. Der Starnberger See ist der wasserreichste und mit bis zu 120 Metern auch einer der tiefsten Seen Deutschlands. Im Sommer bildet sich darin eine sogenannte Sprungschicht, die das warme Oberflächenwasser von den kühleren Tiefen abtrennt. Weil eine Vermischung der beiden Schichten ausbleibt, sind die unteren Regionen von der Sauerstoffzufuhr abgeschnitten. Fische halten sich deswegen meistens knapp oberhalb der Sprungschicht auf: Dort ist das Wasser kühl und trotzdem noch sauerstoffreich.
Außerdem braucht der Starnberger See aufgrund seiner gewaltigen Wassermenge relativ lange, bis er sich aufgeheizt hat. Den Daten des Niedrigwasser-Informationsdienstes Bayern zufolge wurde heuer die höchste Wassertemperatur in Starnberg mit 24,4 Grad am 5. August gemessen, derzeit liegt sie bei 23,3 Grad.
Der Ammersee unterliegt größeren Schwankungen: In Stegen wurde am 9. August ein Höchstwert von 27,2 Grad verzeichnet, derzeit liegt die Oberflächentemperatur nachmittags bei 24 Grad. Wörth- und Pilsensee sind beide 26 Grad warm, letzterer hatte am 10. August rekordverdächtige 29,5 Grad erreicht. Um die Entwicklung im Zeichen des Klimawandels langfristig zu verfolgen, hat das bayerische Landesamt für Umwelt 2014 eine Messboje mitten im Ammersee installiert, die Messdaten aus 16 verschiedenen Tiefen sendet. Den aktuellen Daten zufolge ist das Wasser in sechs Metern Tiefe noch 23 Grad warm, bei acht Metern werden 18 Grad, bei zehn Meter 13 Grad und in 16 Metern Tiefe nur noch sieben Grad gemessen. Manche Fischarten bevorzugen auch höhere Temperaturen: Die wärmeliebenden Karpfen etwa finden sich derzeit öfter als sonst im flachen Uferwasser des Starnberger Sees.