Die Bahnstrecke von München nach Buchloe soll zwischen Pasing und Eichenau dreigleisig ausgebaut werden. Bis der Startschuss für die Bauarbeiten fällt, wird es allerdings noch dauern: Die Bahn erarbeitet nach Informationen von Stadtbaurätin Elisabeth Merk derzeit die verkehrlichen, betrieblichen und technischen Anforderungen für den Streckenausbau; mit ersten Planungsergebnissen sei nicht vor 2017 zu rechnen. Vor diesem Hintergrund könnten auch noch "keine belastbaren Aussagen" gemacht werden, inwieweit Bebauungspläne in Aubing oder das städtische Straßennetz von dem Streckenausbau betroffen seien. Informationen dazu hatten die SPD-Stadträte Verena Dietl und Christian Müller von der Verwaltung erbeten. Unklar sei auch, wie und wann die barrierefreie Ortsverbindung am Aubinger S-Bahnhof realisiert werden könne. Laut Merk hat die Oberste Baubehörde im Bayerischen Innenministerium mit der Deutschen Bahn vereinbart, bei Vorlage konkreter Planungen diese umgehend den betroffenen Kommunen vorzustellen.
Der Ausbau der Strecke in Richtung Schweiz ist seit Jahren ein Politikum. Die S 4, die auf dieser Trasse verkehrt, ist während des Berufsverkehrs chronisch überfüllt, Verspätungen sind an der Tagesordnung. Künftig soll die S-Bahn nun von Zügen des Regional-, Fern- und Güterverkehrs entkoppelt werden und ein 15-Minuten-Takt möglich sein.
Seit Langem wird von Bürgern wie Politikern zudem die barrierefreie Fußgängerunterführung am S-Bahnhof Aubing gefordert. Der Durchgang ist wichtig, um die Stadtteile Aubing und Neuaubing/Freiham enger miteinander vernetzen zu können. Aus städtischer Sicht müssen Einrichtungen wie das Kinder- und Jugendzentrum, der Kinderspielpark, das Alten- und Service-Zentrum, Institutionen der Pfarrgemeinde St. Quirin, die neue Kindertagesstätte an der Colmdorfstraße oder auch die Kleingartenanlage, die sich alle in der Nähe der S-Bahn befinden, für alle ohne große Umwege erreichbar sein. Bislang aber existiert lediglich von Seiten der Colmdorfstraße eine Rampe, die Stadt hat sie gebaut. Von Norden aus dagegen ist der Bahnsteig nur über eine Treppe zu erreichen. Der Zugang dort befindet sich im Eigentum der Bahn.