Zwischen der Stadt Starnberg und dem Landkreis bahnt sich eine Auseinandersetzung um die Kostenaufteilung für den Öffentlichen Personennahverkehr (ÖPNV) an. Die Starnberger Stadtverwaltung strebt eine neue Berechnungsgrundlage für das Betriebskostendefizit der Buslinien im Landkreis an. Die Stadt folgt damit einer Anregung des Bayerischen Kommunalen Prüfungsverbands, der im Hinblick auf die derzeitige Kostenverteilung Mängel festgestellt hatte. Die Stadtverwaltung ist nun der Meinung, dass das derzeitige ÖPNV-Angebot mit allen Linien der gesetzlich vorgeschriebenen Grundausstattung im Landkreis entspricht und somit auch die Kosten dafür - unabhängig davon, ob es sich um Stadtlinien oder überörtliche Linien handelt - vom Landratsamt allein zu tragen sind.
Starnberg beteiligt sich seit 1982 am Ausgleich des finanziellen Defizits für MVV-Regionalbuslinien im Landkreis. Die Vereinbarung beruht auf einem Kreistagsbeschluss: Demnach übernimmt Starnberg für Buslinien, die ausschließlich im Stadtgebiet unterwegs sind, das Betriebskostendefizit in voller Höhe. Bei Linien, die mehrere Gemeinden verbinden, werden die Kosten zwischen Landkreis und beteiligten Kommunen prozentual nach Fahrgastzahl aufgeteilt. Die Vereinbarung hatte eine Laufzeit von drei Jahren. Seither gab es jedoch zahlreiche Änderungen bei den Buslinien. Zwar stimmte die Stadt den Änderungen stets zu, doch eine Fortschreibung des Vertrags mit dem Landkreis scheint es nicht zu geben. Überdies sind die jeweilige Höhe des Defizits, Kriterien für die Zuteilung des Staatszuschusses und Fahrgastzahlen laut Prüfungsverband nicht nachvollziehbar.
Die von Starnberg zu begleichenden Kosten für den MVV sind erheblich. Zahlte die Stadt 1991 noch 112 462 D-Mark (entspricht 57 500 Euro), waren es 2014 schon 262 707 Euro und 2015 rund 490 000 Euro. 2016 betrug der Anteil der Stadt bereits 920 435 Euro. Angesichts der weiter zu erwartenden Steigerungen empfiehlt der Prüfungsverband der Stadt, "die Notwendigkeit der derzeit angebotenen ÖPNV-Leistungen kritisch zu hinterfragen" und gegebenenfalls "durch kostengünstigere Varianten" zu ersetzen. Derzeit diskutiert der Kreistag darüber, dass der Landkreis alle Kosten für Linien trägt, die drei oder mehr Gemeinden anbinden. Für Linien mit zwei Gemeinden soll der Anteil weiterhin 50 Prozent betragen, für innerstädtische Linien soll die Stadt wie bisher allein zahlen.