Die Tieferlegung der Bahntrasse durch Oberschleißheim inklusive einer Verlegung des Bahnhofs nach Süden würde knapp 150 Millionen Euro kosten. Zu dem Ergebnis kommt eine Machbarkeitsuntersuchung. In der Summe noch nicht enthalten sind zusätzliche Infrastrukturmaßnahmen wie eine Verlegung der Bushaltestellen oder neue Parkplätze. Als stärkstes Argument für diese große Lösung wird in der Expertise weiterhin angeführt, dass durch einen Bahnhof am künftigen Uni-Campus "deutlich mehr Fahrgastpotenzial erschlossen werden kann".
Seit Beginn der Tunneldebatte Anfang der Neunzigerjahre war stets nur eine Tunnel- oder später Troglösung diskutiert worden, noch nie eine Verlegung des Bahnhofs. Diese Option ist entstanden, seit die Tierärztliche Fakultät der Ludwig-Maximilians-Universität beschlossen hat, ihre Kliniken und Institute komplett nach Oberschleißheim zu verlegen und nicht nur in Teilen. Der neue Campus um die Sonnenstraße mit mehreren Tausend Studierenden und Beschäftigten würde das Potenzial eröffnen, den 1972 errichteten S-Bahnhof aufzugeben und unterhalb der Dachauer Straße unterirdisch neu zu bauen. Die Machbarkeitsstudie hat als bevorzugte Tunnelvariante daher eine Tieferlegung der Bahn mit zwei Gleisen, einem weiteren kurzen Wendegleis für die S-Bahn, einem Überholgleis für Güterzüge und eine Verlegung des Bahnhofs untersucht.
Die Einschränkungen im Bahnverkehr während der Bauzeit wären erheblich
Eine 2011 vorgelegte Studie des Wirtschaftsministeriums hatte für eine reine Tieferlegung in einen 1400 Meter langen Trog ohne Deckel Baukosten von rund 90 Millionen Euro ermittelt. In der neuen Studie werden die höheren Kosten mit der geänderten Aufgabe begründet, auch noch einen kompletten Bahnhof zu verlegen. Dies bewirke "deutlich kompliziertere Bauzustände". Schließlich müsse die gesamte Baumaßnahme über mehrere Jahre bei laufendem Betrieb auf einer der am stärksten ausgelasteten Schienenstrecken in ganz Bayern abgewickelt werden.
Die Einschränkungen für den Zug- und S-Bahn-Verkehr während der Bauzeit seien "erheblich". In Anbetracht der zu erzielenden städtebaulichen Verbesserungen seien die Behinderungen aber "tolerierbar". Die mögliche neue Situierung des Bahnhofs sei für manche Ortsviertel ein Vorteil, für andere ein Nachteil, sodass dieser Faktor in der Abwägung zu vernachlässigen sei.
Im Umstellungszeitraum von bis zu zehn Jahren müsste auf der Strecke die Signaltechnik verändert werden, was zur Konsequenz hätte, dass die Bahnschranke an der B 471 in Spitzenzeiten bis zu 53 Minuten pro Stunde geschlossen wäre. Die Bundesstraße wäre damit in Oberschleißheim faktisch abgeriegelt. Ungeachtet dessen bleibt ein möglicher Auftrag für das Projekt eine politische Entscheidung. Die Bahn plant keinerlei Ausbauarbeiten auf der Strecke, die sie zu irgendwelchen Veränderungen zwingen würde. Und das Staatliche Bauamt hat zur Entflechtung des Nadelöhrs für die B 471 ausschließlich die kostengünstigste Variante im Visier - das wäre eine Straßenunterführung unter der Bahn, die unter anderem von Oberschleißheim in einem Bürgerentscheid 2009 abgelehnt worden war.