Sieben Kreisgruppen des Bundes Naturschutz (BN) fordern einen viergleisigen Ausbau der S 4, um das bis 2030 prognostizierte Verkehrsaufkommen bewältigen und mehr Personen und Güter aus Gründen des Klimaschutzes auf der Schiene zu transportieren. Die direkt betroffenen BN-Kreisgruppen von München und Fürstenfeldbruck sowie aus Landsberg, Ostallgäu-Kaufbeuren, Memmingen-Unterallgäu, Kempten-Oberallgäu und Lindau haben deshalb beim bayerischen Landtag eine Petition eingereicht. Die Notwendigkeit sei auch von der Staatsregierung erkannt worden, denn parallel zur dreigleisigen Planung laufe eine Machbarkeitsstudie für einen vier gleisigen Ausbau, sagt Martin Geilhufe, Landesbeauftragter des BN. "Solange nicht entschieden ist, ob drei- oder viergleisig ausgebaut werden soll und auf welcher Streckenlänge, fordern wir ein Planungsmoratorium", so Thomas Brückner, Verkehrsbeauftragter des Bundes Naturschutz Fürstenfeldbruck und Emmering.
Ein dreigleisiger Ausbau bis Eichenau, den die Staatsregierung seit 2014 favorisiert, hält Thorsten Kellermann, stellvertretender Vorsitzender des BN-München, für "unzureichend und nicht zukunftsfähig". Die Kreisgruppen zwischen Landsberg und Lindau fürchten, dass es im Regional- und Fernverkehr weiter zu erheblichen Verspätungen bis hin zu den Endhaltestellen der Züge im Allgäu bleibt, einschließlich dem Risiko, dort Anschlüsse zu verpassen, sagt Thomas Frey, BN Regionalreferent Schwaben. Als "Wahnsinn" kritisieren die Naturschützer, dass der dreigleisige Ausbau so geplant wird, dass kein viertes Gleis mehr ergänzt werden kann. Wollte man irgendwann die Strecke weiter ausbauen, müssten neue Bahnsteige, Treppen, Lärmschutzwände, Dächer und Unterführungen wieder abgerissen werden.