2013 hat die Gemeinde Taufkirchen das 750-jährige Bestehen des Wasserschlosses mit einem Jubiläumsjahr gefeiert. Tatsächlich ist das Wahrzeichen der Gemeinde noch älter, denn der historische Bezug richtet sich auf die erste urkundliche Erwähnung. Sie stammt aus dem Jahr 1263, als das Wasserschloss mit seinem Eigentümer Grimold von Taufkirchen in einer Urkunde des Bischofs von Freising genannt wird. Von 1377 an herrschten die Herren von Fraunberg auf dem Schloss. Im 15. Jahrhundert kam Georg von Gundlfing durch seine Heirat mit Kyburg von Fraunberg-Taufkirchen in dessen Besitz. Das Gebäude gehörte bis 1544 der Familie. In der Zeit von 1544 bis 1672, als die Fugger Besitzer des Schlosses waren, wurde das ursprüngliche Gebäude im Renaissancestil weiter ausgebaut. Sie errichteten auch das 1646 erstmals erwähnte Brauhaus. Vor allem die finanziellen Folgen des Dreißigjährigen Krieges zwangen die Fugger schließlich dazu, das Schloss im Juli 1672 für 40 000 Gulden an Ferdinand Freiherr von Puech, Pfleger von Landau und Jettenstetten und herzoglicher Generalwachtmeister, zu verkaufen. Dessen Sohn Adam setzte sich mit teilweise kuriosen Mitteln für die Erweiterung seines Besitzes um Taufkirchen ein. So schielte er neidvoll nach Dorfen, wo die Wallfahrt in voller Blüte stand. Die hungrigen und durstigen Pilger brachten Geld in die Kassen der Dorfener Brauereien und Gastwirtschaften. Um auch den Umsatz seiner eigenen Brauerei anzukurbeln, begab er sich nach Rom, wo er die Gebeine eines unbekannten Toten aus den Katakomben erwarb. Zuhause präsentierte er sie unter dem Namen des "Heiligen Viktor" und kurbelte so eine Wallfahrt nach Taufkirchen und den Bierumsatz an.
1748 erbte Freiherr Franz Peter von Rosenbusch Schloss Taufkirchen. In den folgenden Jahren wechselte es mehrere Male den Besitzer. 1910 kaufte der Wiener Hof- und Gerichtsadvokat Gustav Rohn das Schloss, 1911 der Ingenieur Maximilian Barovhazy. 1919 erstand der Landesarmenverband von Oberbayern das Schloss und richtete eine Anstalt für Fürsorgebedürftige ein, um "Siechen, Gelähmten, Gichtigen, ferner Epileptikern, Krüppeln, Blinden, Blöden und Schwachsinnigen",so der Kaufvertrag, aufzunehmen. Im Nationalsozialismus folgte dann das dunkle Kapitel der Zwangssterilisationen und der Euthanasie.
Ab 1945 führte der Bezirk Oberbayern das Schloss als Fürsorgeheim, das zur Landzeiteinrichtung für psychisch Kranke wurde. 1970 erfolgte die Umbenennung in Bezirkskrankenhaus Taufkirchen. 1998 wurde der Krankenhausbereich im Schloss aufgelöst. Das Fachkrankenhaus für Psychiatrie befindet sich seither ausschließlich in den Häusern in Schlossnähe. Künstler und andere Bürger nutzten das umgebaute und leer stehende Gemäuer für Veranstaltungen. Nach Verhandlungen mit dem Bezirk und einem Nutzungskonzept für kommunale und kulturelle Zwecke kaufte die Gemeinde 2005 das Schloss für den symbolischen Preis von einem Euro und verkaufte es zum gleichen Preis an Nico Forster. Der Manager und Philosoph hatte Anfang der 1990er die Drillisch AG, einen Mobilfunkdienst, gegründet und war damit reich geworden. Forster erhielt 2,9 Millionen Euro öffentlicher Zuschüsse für die Sanierung, weitere 1,1 Millionen Euro eigenes Geld hat er in die Renovierung gesteckt. 2010 starb der Multimillionär im Alter von 47 Jahren an einer Nierenfunktionsstörung. Er hinterließ drei Kinder. Nun wollen seine Erben das Wasserschloss verkaufen.