Als Ulrich Schmidl vermutlich Anfang September 1554 nach 20-jähriger Abwesenheit in seine Heimatstadt Straubing zurückkehrte, fand er seinen Bruder Thomas gerade noch lebend vor. Thomas war, wie der Schmidl-Forscher Werner Friedrich berichtet, ein einflussreicher Mann in Straubing - Ratsmitglied, Bürgermeister, zuletzt sogar fürstlicher Rat - und sicherlich ist es seinem Einfluss zu verdanken, dass Ulrich unmittelbar nach seiner Heimkehr auch in den Rat der Stadt gewählt wurde. Thomas Schmidl starb am 20. September 1554; Ulrich vermerkte Tag und Stunde des Todes auf der ersten Seite seines mit eigener Hand geschriebenen Reiseberichts, der heute in der Württembergischen Landesbibliothek in Stuttgart aufbewahrt wird.
Aber nach 20 Jahren in der Wildnis war es sicherlich nicht leicht für Ulrich Schmidl, sich wieder in der Enge einer bayerischen Kleinstadt einzuleben. Im April 1558 schrieb der Vertreter des Handelshauses Fugger in Sevilla an den spanischen Hof, ein gewisser Ulrich Schmiedel, der "lange Zeit in Riodelaplata gewest und allda Kinder verlassen" habe, wolle "lieber wieder dienen und bei seinen Kindern sein". Vielleicht dachte Schmidl auch mit Sehnsucht an die indianischen Frauen, von denen er berichtet hatte, sie seien "sehr anmutig und große Buhlerinnen, auch gar freundlich und sehr hitzig am Leib".
Schmidl besann sich aber doch anders und heiratete Ende 1558 eine Straubinger Witwe, die vier erwachsene Kinder mit in die Ehe brachte. Vier Jahre später musste er seine Heimatstadt verlassen. Schmidl war Lutheraner, und am 15. Juni 1562 ließ Herzog Albrecht V. Schmidl und acht andere Protestanten aus Straubing ausweisen. Sie fanden Aufnahme in der freien Reichsstadt Regensburg. Er erwarb ein Haus am Neupfarrplatz; dort zeugt noch heute ein in die Außenwand eingemauerter Stein vom früheren Besitzer: "Ulrich Schmidl von Straubing". Schmidl starb um die Jahreswende 1580/81, ohne einen männlichen Erben zu hinterlassen. Der Wunsch seines Bruders nach "Erhaltung meines Stammes und des Namens Schmidl" erfüllte sich nicht. In Straubing ist der Name des einstigen Konquistadors trotzdem noch sehr gegenwärtig. Eine Straße und eine Schule sind nach ihm benannt, und 1961 stiftete die argentinische Regierung eine marmorne Gedenktafel: "La Republica Argentina a su primer historeador" - Ihrem ersten Geschichtsschreiber gewidmet von der Republik Argentinien.