Im Landkreis gibt es derzeit 18 Flora-Fauna-Habitate. Gemeldet wurden diese Gebiete bereits 2001 und 2004, nun aber müssen sie auch juristisch verbindlich umgesetzt werden. Die Gemeinde Icking sieht in der rechtsverbindlichen Abgrenzung des FFH-Gebietes, das auf ihrer Flur liegt, ein potenzielles Problem für die Daseinsvorsorge ihrer Bürger: Die Wasserversorgung der Kommune liegt mitten im betreffenden FFH-Gebiet, inklusive Brunnenhaus und Leitungen. Deshalb beschlossen die Räte am Montag einstimmig, gegen die sogenannte "Natura 2000-Verordnung" Widerspruch einzulegen und zu beantragen, dass festgeschrieben wird, vorhandene Brunnenanlagen zur gemeindlichen Wasserversorgung unter Bestandsschutz zu stellen. Auch soll schriftlich eingefügt werden, dass nötige Vergrößerungen oder andere Änderungen an der Wasserversorgung den Zielen der "Natura 2000-Verordnung" nicht entgegenstehen.
Zwar war die Verordnung, die in einer ausführlichen Fassung auf der Webseite der Staatsministeriums für Umwelt und Verbraucherschutz (http://q.bayern.de/natura2000-beteiligung) einsehbar ist, bereits 2014 den Bürgermeistern vorgestellt worden. Wie Bürgermeisterin Margit Menrad sagte, habe die Regierung damals den Hinweis gegeben, die Gemeinden müssten nicht mit besonderen Erschwernissen rechnen. Allerdings, erklärte sie am Montag, seien in der Vergangenheit durchaus Probleme aufgetreten, etwa beim Radwegebau entlang der Staatsstraße im Landkreis: Dort habe der Naturschutz Vorrang vor der Sicherheit der Verkehrsteilnehmer gehabt. Flächenänderungen seien aus der derzeit 1700 Seiten starken Verordnung nicht erkennbar, könnten aber nicht ausgeschlossen werden. Auf jeden Fall sei aber eben die Ickinger Wasserversorgung betroffen. Sollte die Gemeinde dort neue Quellen erschließen oder bekannte Quellen ertüchtigen wollen, "bestehen höchste naturschutzrechtliche Hürden", sagte Menrad. Der Schutz der Trinkwasserversorgung wäre nur dann möglich, wenn zweifelsfrei nachgewiesen würde, "dass zwingende Gründe des öffentlichen Interesses vorliegen und zumutbare Alternativen nicht gegeben sind". Da das Brunnenhaus auch nicht am Rande liegt, wird man es nach Ansicht von Menrad auch nicht aus dem FFH-Gebiet ausklammern können.
Nötig ist die Verordnung, weil die Mitgliedsstaaten der Europäischen Union verpflichtet sind, gemeldete FFH-Gebiete innerhalb von sechs Jahren als besondere Schutzgebiete festzulegen. Da jedoch Deutschland diese Verpflichtung noch nicht erfüllt hat, wurde von der EU-Kommission mittlerweile ein Vertragsverletzungsverfahren eingeleitet und die Verordnung wird vorangetrieben. Weil Icking mit seinen Bedenken nicht alleine dasteht, wurde inzwischen die Beteiligung der Öffentlichkeit am Verfahren bis zum 1. Mai verlängert. Bis dahin will auch die Gemeinde Kochel prüfen, ob ihre Wasserversorgung davon betroffen wäre. Gaißach, Lenggries und die Jachenau erwägen nach Angaben von Franz Steger, Abteilungsleiter Umwelt im Landratsamt, ebenfalls Einsprüche, allerdings aufgrund von Infrastrukturplanungen.