Bereits am Sonntagabend hatten die Bahn-Techniker Probleme bei der sogenannten "Zugmeldeanlage" für die Linien S3 und S8 im Bereich des Bahnhofs Pasing festgestellt. Vorsorglich entschied die Bahn daher, auf diesen beiden Linien die Verstärkerzüge nicht fahren zu lassen.
Am Montagmorgen rollten die Bahnen dort statt wie gewohnt im Zehn-Minuten-Takt nur im Abstand von 20 Minuten. Auch am Montagnachmittag fielen die Verstärkerzüge aus - "vorsichtshalber", wie ein Bahnsprecher sagte, man wollte die reparierte Anlage erst noch ausgiebig testen. Die Aufgabe der Zugmeldeanlage ist es, laienhaft ausgedrückt, den Zügen Nummern zuzuteilen, damit diese dann automatisch durch die Stammstrecke geschleust werden können. Kommt es dabei allerdings zu Störungen, läuft der Betrieb alles andere als reibungslos.
Damit aber nicht genug: Gegen acht Uhr legten zwei Notarzteinsätze kurz nacheinander in Laim und am Hirschgarten die Stammstrecke lahm. Rasch schaukelten sich die Verspätungen bei den S-Bahnen hoch, es gab Verspätungen von 30 Minuten und mehr. Gegen 9.30Uhr ereignete sich am Bahnhof Geltendorf noch ein Personenunfall; in der Folge waren beide Gleise der Strecke dort für knapp eine Stunde gesperrt. Das hatte auch Auswirkungen auf den Regional- und Fernverkehr der Bahn.