Manch einer erinnert sich noch an die Kostenschätzung für den zweiten Tunnel aus der Mitte der Nullerjahre. Damals hatten die Bahningenieure das Bauwerk auf eineinhalb Milliarden Euro geschätzt. Als der damalige Landesverkehrsminister Martin Zeil (FDP) im Dezember 2011 den angeblichen Durchbruch bei der Finanzierung verkündete und in Aussicht stellte, dass vom Jahr 2020 an bereits S-Bahnen durch die Röhren rauschen werden, da waren die Kosten bereits auf etwas mehr als zwei Milliarden Euro geklettert. Aus dem von Zeil avisierten Baustart wurde damals auch deshalb nichts, weil die Zusage des Bundes, etwa die Hälfte der Kosten zu übernehmen, nicht belastbar war.
Seither legten die Planer der Deutschen Bahn dem Konzernaufsichtsrat immer wieder aktualisierte Projektübersichten vor. In diesen Dokumenten wurde, auch weil die Finanzierungsfrage ungelöst blieb, der Termin für den Baustart immer wieder verschoben. Und mit diesen Verzögerungen wuchs auch die Summe der kalkulierten Kosten immer weiter an. Mittlerweile rechnen die Planer nach Angaben aus dem bayerischen Kabinett mit 3,2 Milliarden Euro - und bezeichnen diese Summe als "wahrscheinlichstes Szenario". Rechnet man aber alle Risiken und Unwägbarkeiten ein, die bei einem solchen Projekt drohen, liegt die Kalkulation mittlerweile bei 3,84 Milliarden Euro.