Die Idee zur Gründung eines historischen Vereins hatte 1996 der Ebersberger Kunstschmied Manfred Bergmeister. Er schlug dem damaligen Bürgermeister Josef Neumeier und dem Zweiten Bürgermeister Rudolf Schierl vor, mit Gedenkveranstaltungen an den 200. Jahrestag der Schlacht vom 3. Dezember 1800 zu erinnern. Bergmeisters Idee führte am 25. Juli 1996 zur Gründung von "Hohenlinden 2000", Gründungsvorsitzender wurde Alfons Nagl. In den folgenden 14 Jahren war der historische Verein eng mit Nagl verknüpft, der als Dreh- und Angelpunkt, Motor und spiritus rector den Verein mit viel Liebe zum Detail und Leidenschaft prägte und ein Gesicht gab.
Zunächst wurde am Kronacker Weg das von Bergmeister für die Gemeinde gestaltete Denkmal an die historische Schlacht aufgestellt, vor dem jedes Jahr am 3. Dezember der Opfer gedacht wird. Ein Stein erinnert an die Opfer, die vier Säulen symbolisieren die Soldaten aus Bayern, Österreich, Frankreich und die Bevölkerung. Der verbindende Kranz darüber ist Symbol für ein friedliches Europa. 2000 veranstaltete der Verein unter der Regie von Nagl zum 200. Jahrestag das riesige Open-Air-Freiluftspektakel "Knechte der Schlacht" nach einem Drehbuch von Martin Winklbauer. Durch die erzielten Überschüsse konnten Exponate für das multimediale Museum in zwei Räumen im Untergeschoss der Grundschule und das 2006 im Museum aufgebaute multimediale Diorama mit 3500 Zinnfiguren finanziert werden. Weitere, wenn auch nicht ganz so aufwendige, Aufführungen folgten 2003 und 2006.
In der Ära Nagls wurde zudem am so genannten Franzosenbründl im Forst neben der B 12 ein Gedenkstein an der Stelle eingeweiht, wo 1800 französische Soldaten Wasser geholt und ihre Pferde getränkt haben sollen. Die Vollendung eines seiner Lieblingsprojekte erlebte Nagl, der 2010 starb, indes nicht mehr. Im September 2012 verwirklichte sein Nachfolger Martin Hubner einen 50 Kilometer langen historischen Radweg als Außenmuseum mit Informationstafeln an 16 früheren Schauplätzen der Schlacht. Die Besonderheit: Via Smartphone erhält der Besucher Hinweise und Filme zum jeweiligen Schauplatz.
Hubner hat andere Akzente gesetzt und viele Reisen mit historischem Hintergrund organisiert. Die Nachfolge von Nagl als Museumsleiter hat Rolf Kaiser übernommen, der Besucher jeden ersten Samstag im Monat von 13 bis 15 Uhr oder nach Vereinbarung durch das sehenswerte Museum in der Grundschule führt. Einblicke gibt es auch im Internet unter www.schlacht-von-hohenlinden.de