Die Betreiber von Megaupload sollen mit Premium-Kunden 150 Millionen US-Dollar verdient haben, die Werbeeinnahmen lagen bei 25 Millionen US-Dollar. Das geht aus einer 191 Seiten umfassenden Datei hervor, die das US-Justizministerium auf Grundlage von FBI-Ermittlungen veröffentlicht hat. Die vermeintlichen Beweise für die Förderung von Urheberrechtsverletzungen durch die Betreiber des Sharehosters beruhen auf Abhörprotokollen von Skype-Kommunikation und internen E-Mails von den beschlagnahmten Servern von Megaupload.
Bram van der Kolk, Programming Director von Megaupload, soll demnach im Februar 2007 in einer E-Mail an Chief Technical Officer Mathias Ortmann erklärt haben: "Kim will wirklich Youtube eins zu eins kopieren". Zwei Jahre später soll van der Kolk bei Skype zu Ortmann gesagt haben: "Wenn die Urheberrechtsinhaber wirklich wüssten, wie gewaltig unser Geschäft ist, würden sie bestimmt versuchen, etwas dagegen zu unternehmen. Sie wissen nicht, dass wir jeden Monat Gewinne in Millionenhöhe machen."
Im September 2007 soll Kolk bei Skype zu Ortmann gesagt haben: "Wir sind moderne Piraten :-). Die Leute werden immer Dateien tauschen und Sachen kostenlos herunterladen." Dotcom und vier seiner Mitarbeiter wurden im Januar 2012 verhaftet und warten auf ein Auslieferungsverfahren. Dotcoms Villa in Neuseeland wurde durchsucht, Rechner und Speicher beschlagnahmt und die Plattform Megaupload vom Internet getrennt. Dabei seien Türen eingetreten und Dotcoms schwangere Ehefrau Mona daran gehindert worden, sich um die Kinder zu kümmern.
Dotcom ist auf Kaution frei, sein Vermögen wurde eingefroren und anschließend teilweise wieder freigegeben. Dem 39-Jährigen droht im Falle einer Abschiebung eine Strafe von maximal 20 Jahren wegen krimineller Geschäfte und Geldwäsche.
Gegen 43 Prozent der über Megaupload gestreamten Dateien habe es Anforderungen der Rechteinhaber gegeben, die Inhalte offline zu nehmen, so die US-Ankläger. Mehrfache Urheberrechtsverletzer seien als Nutzer geduldet worden: So seien von 33 aktiven Nutzern über 10.000 URLs wegen Urheberrechtsverletzungen offline genommen worden. Links, die von dieser Gruppe angelegt wurden, hätten aber 475 Million Views auf Megavideo.com generiert.
Von den 66,6 Millionen registrierten Nutzern hätten nur 9 Prozent jemals eine Datei auf Megaupload.com oder Megavideo.com hochgeladen. Die große Mehrheit sei auf die Mega-Seiten gekommen, "um sich Inhalte anzusehen und herunterzuladen".
Dotcom-Anwalt Ira P. Rothken sagte dem Wall Street Journal, die Betreiber von Megaupload könnten nicht für die Urheberrechtsverletzungen der Nutzer verantwortlich gemacht werden. "Wenn diese Anschuldigungen wegfallen, haben die anderen Anklagen keinen Bestand. Es ist wie ein Kartenhaus."