Juni 2007: Nach internationalen Radsport- Enthüllungen müssen auch diverse frühere Fahrer des Telekom-Teams Doping gestehen. Die Freiburger Uni-Klinik gerät unter Druck und beruft zwei Kommissionen ein. Eine soll sich um Verfehlungen in der Zusammenarbeit mit dem Radteam kümmern ("kleine Kommission"), die andere alle Aktivitäten der Freiburger Sportmedizin seit der Ära von Joseph Keul und Armin Klümper beleuchten, die als Verbands- und Olympiaärzte jahrzehntelang Einfluss auf den deutschen Sport ausübten ("große Kommission"). Beide Gremien leitet Hans-Joachim Schäfer.
Mai 2009: Die kleine Kommission legt ihren Schlussbericht vor. Von systematischem Doping ist die Rede, jedoch heißt es, außer den Telekom-Teamärzten Lothar Heinrich und Andreas Schmid seien nur Georg Huber Verstöße gegen Dopingregularien nachzuweisen. Zwei 2007 suspendierte Ärzte, die auch für das Team arbeiteten, spricht sie frei. Kundigen Beobachtern ist der Report zu dürftig.
Dezember 2009: Schäfer legt den Vorsitz der großen Kommission nieder. Die hatte die Arbeit noch gar nicht richtig aufgenommen. Nun übernimmt Mafia-Expertin Letizia Paoli (Belgien) die Leitung.
Januar 2013: Der Streit beginnt: Die Universität wirft Paoli Untätigkeit vor. Diese legt in einer Stellungnahme dar, wie die Arbeit der Kommission behindert wird. Unter anderem geht es um den verzögerten Zugang zu wichtigen Akten: Fünf Kisten Geschäftsmaterial zu Joseph Keul lagerten über Jahre im Privatdomizil einer Uni-Angestellten. Auch sei der offizielle Arbeitsauftrag, sich um die komplette Breisgau-Dopinghistorie seit den Fünfzigern zu kümmern, der Kommission nie korrekt mitgeteilt, sondern durch den damaligen Rektor bei der Einsetzung der Kommission manipuliert worden. Paoli spricht von einer "sehr ernsten Vertrauenskrise der Kommission in den Aufklärungswillen des Auftraggebers".
2013/2014: Immer wieder läuft die Diskussion nach ähnlichen Mustern ab. Die Universität drängt die Kommission auf einen baldigen Abschluss. Diese sagt Termine zu, muss aber immer wieder feststellen, dass sie zu wichtigen Dokumenten keinen Zugang bekommt. So erhält sie erst nach langem Drängen die Unterlagen der Staatsanwaltschaft zu früheren Verfahren gegen Klümper - ganz kurz vor Ablauf eines Ultimatums, das Paoli per Rücktrittsdrohung gesetzt hat. Auch diese Papiere galten als verschollen, wurden dann zufällig in einem "Außenlager" des Archivs gefunden.
März 2015: Ein Alleingang des Kommissionsmitglieds Andreas Singler sorgt für große Aufregung. Ohne Absprache mit seinen Kollegen und gegen den Willen Paolis veröffentlicht er Details eines Zwischenberichts: Aus Akten gehe hervor, dass in den "späten 1970er und frühen 1980er Jahren" beim VfB Stuttgart "im größeren Umfang" und - "wenn auch nur punktuell nachweisbar" - auch beim damaligen Zweitligisten SC Freiburg Anabolikadoping vorgenommen wurde. Kurz danach verlassen er und Heinz Schöch die Kommission.
Januar 2016: Die Kommission findet Hinweise auf einen neuen Forschungsskandal: Es geht um "erhebliche wissenschaftliche Mängel" bei Dissertationen, Habilitationen sowie Fachpublikationen aus den Achtzigerjahren. Es ist nicht das erste Mal, dass die Kommission brisante Verfehlungen thematisiert, die weit über die Dopingfrage hinausgehen.
1. März 2016: Die verbliebenen Mitglieder der Kommission treten geschlossen zurück. Sie protestieren damit erneut gegen die Einschränkung ihrer Unabhängigkeit durch Uni-Rektor Hans-Jochen Schiewer. Im Kern, und eingedenk jahrelanger Behinderungen, befürchten sie eine Zensur ihrer Gutachten.