Mit einer ernsten Zeremonie am New Yorker Ground Zero, dem Schauplatz der Katastrophe des 11. September, begann am Sonntagvormittag der letzte Tag der Amerikareise von Papst Benedikt XVI. Der Papst schritt die Rampe in die riesige Baugrube hinab, wo sich früher die Tiefgeschosse des World Trade Center befanden, entzündete eine Kerze und kniete zu einem stillen Gebet nieder. Dann sprach er einen Segen für die Toten und Verletzten, für die Angehörigen der Opfer, für die Helfer: "Wir bitten Dich, dass Du durch Deine Güte Licht und ewigen Frieden allen geben mögest, die hier gestorben sind."
Zugleich gedachte er der beiden weiteren Flugzeugattentate dieses Tages auf das Pentagon sowie bei Shanksville im Bundesstaat Pennsylvania. Für die Angehörigen betete um er "Kraft, ihr Leben mit Mut und Hoffnung fortzusetzen". Aber auch die, "deren Herzen und Köpfe von Hass erfüllt sind", schloss er in seinen Segen ein. Angesichts solch schrecklicher Ereignisse suchten die Menschen die Führung Gottes, sagte der Papst. "Gib, dass die, deren Leben verschont geblieben ist, so leben, dass diejenigen, die hier starben, nicht umsonst gestorben sind. Ermutige und tröste uns, stärke uns in der Hoffnung und gib uns die Weisheit und den Mut, unermüdlich für eine Welt zu arbeiten, in der wahrer Friede und Liebe unter den Nationen und in den Herzen aller herrschen."
Anschließend sprach der Papst mit 24 Betroffenen der Katastrophe sowie mit Bürgermeister Michael Bloomberg und den Gouverneuren von New York und New Jersey. Für den Nachmittag war eine Messe vor 57 000 Gläubigen im Yankee Stadium in der Bronx geplant. Am Sonntagabend sollte er vom John-F.-Kennedy-Flughafen nach Rom zurückfliegen.
Höhepunkt des Besuchs in New York war die Messe, die Papst Benedikt XVI. am Samstagmorgen in der St Patrick's Cathedral hielt. Die - nach europäischen Maßstäben - winzige, von Wolkenkratzern umringte Kathedrale an der Fifth Avenue ist das symbolische Zentrum des katholischen Lebens in den USA.
Der Papst rief die etwa 3000 anwesenden Priester, Nonnen, Bischöfe und Kardinäle zu einem "neuen Frühling" für die Kirche auf, die von den Missbrauchsskandalen in den letzten Jahrzehnten schwer erschüttert wurde; er betete für "Reinigung" und ,,Heilung''. Mehr als 10.000 Kinder und Jugendliche sollen laut einer Studie in den letzten 50 Jahren missbraucht worden sein, etwa 4000 Priester waren daran beteiligt. Schon an den vorangegangenen Tagen seines Besuchs hatte er dieses Thema wiederholt angesprochen. Laut Zeitungsberichten plant der Vatikan eine Änderung des Kirchenrechts, um derartige Missbrauchsfälle besser verfolgen zu können. Erwogen wird, die Verjährungsfristen zu verlängern, weil viele der Opfer erst nach Jahren über die Vorfälle berichten.
Vor Beginn der Messe begrüßte Bloomberg die Gläubigen und nannte die Stadt ein "Symbol für religiöse Toleranz". Zu beiden Seiten der Fifth Avenue standen Tausende von New Yorkern Spalier, um zu erleben, wie Benedikt XVI. nach der Messe im Papamobil abfuhr.
Nach seinem Auftritt vor den UN am Freitag hatte Benedikt XVI. als erster Papst eine amerikanische Synagoge besucht. Auch wenn der Besuch kaum 25 Minuten dauerte und schlichter ausfiel als die anderen Stationen seiner Reise nach Washington und New York, wurde er in einer Stadt, in der 12 Prozent der Bewohner jüdischer Herkunft oder jüdischen Glaubens sind, mit großer Genugtuung aufgenommen.
Der Papst unterstrich die Notwendigkeit "Brücken der Freundschaft" zwischen Angehörigen aller Glaubensrichtungen zu bauen. Rabbi Arthur Schneier würdigte die Fortschritte in den katholisch-jüdischen Beziehungen seit dem zweiten vatikanischen Konzil. Anschließend besuchte der Papst die St. Joseph's Church in Yorkville, einem Stadtteil von Manhattan, in dem bis Mitte des 20. Jahrhunderts Tausende deutsche Emigranten wohnten. Ein Kirchenfenster mit der Inschrift "Geschenk der Familien Amend & Ridder" zeugt heute noch davon, wie auch die deutsche Metzgerei und die deutsche Bäckerei in der Nähe. Ansonsten allerdings hat sich die deutsche Kultur im konservativen und reichen Milieu der Upper East Side verloren.
Neben dem Päderasten-Skandal machte der Papst die Einwanderungspolitik zum zweiten inhaltlichen Schwerpunkt seiner Reise. Schon während seines Flugs nach Washington hatte er gefordert, Immigrantenfamilien zu schützen statt sie auseinanderzureißen. Der Papst spielte damit auf die Deportation illegaler Einwanderer an, die nicht selten von ihren legal in den USA lebenden Familienmitgliedern getrennt werden. Einwanderer vor allem aus Lateinamerika spielen für die US-amerikanische Kirche eine immer wichtigere Rolle. Von den 65 Millionen Katholiken in den USA sind 18 Millionen Latinos.