Der Bau eines zweiten S-Bahn-Tunnels könnte nach Einschätzung der Grünen die gesamten Nahverkehrszuschüsse aufbrauchen, sodass für andere Projekte nichts mehr übrig bleibt. Derzeit stünden für Bayern im Etat des Gemeindeverkehrsfinanzierungsgesetzes (GVFG) pro Jahr etwa 55 Millionen Euro zur Verfügung - die Röhre durch die Innenstadt würde also den gesamten bayerischen Anteil für etwa 30 Jahre beanspruchen, so die Münchner Grünen. Stadtrat Paul Bickelbacher bangt vor allem um die anstehenden U-Bahn-Projekte wie die U 4 nach Englschalking und die U 5 nach Pasing, aber auch um neue Trambahn-Tangenten, die dann wohl nicht mehr vom Bund bezuschusst werden könnten. Die seit Langem tunnelkritischen Grünen haben deshalb einen Tag vor der Vertragsunterzeichnung zwischen Stadt, Freistaat und Bund eine offizielle Anfrage gestellt: Welche Münchner Projekte sind bereits beim GVFG-Bundesprogramm angemeldet? Glaubt der Oberbürgermeister, dass bis 2045 für diese Projekte Fördergeld nach München fließt? Oder gibt es anderweitige Finanzierungszusagen des Freistaats?
Nach Bickelbachers Einschätzung könnte der zweite Tunnel die Stadt teuer zu stehen kommen, wenn München neben dem bereits zugesagten Geld aus dem Gesellschafterdarlehen des Flughafens (113 Millionen Euro) sowie den 42 Millionen Euro für die dritte Laimer Röhre auch noch für die Finanzierung seiner Nahverkehrsprojekte alleine aufkommen müsste.
Die Befürchtung der Stadtrats-Grünen ist nicht neu. Der frühere Landtagsabgeordnete Martin Runge, einer der entschiedensten Gegner des Tunnels, hat viele Jahre lang prognostiziert, das teure Projekt werde den Ausbau des Nahverkehrs an anderer Stelle kannibalisieren. Abschließend geklärt wurde dies nie, der Freistaat hat die Sorge stets als unbegründet zurückgewiesen. Allerdings gilt der GVFG-Etat seit Langem als heillos überzeichnet.