Erfolg stellt sich meist erst dann ein, wenn das "Wenn" nicht wäre. Wenn also in den kommenden fünf bis sechs Jahren die Amper so sehr geschützt werden könnte, dass weniger Nährstoffe in sie fließen, dann würde sie das Prädikat "Guter ökologischer Zustand" nach der europäischen Wasserrahmenrichtlinie bekommen. Als Referenz gilt, wie es der Bund Naturschutz im Kreis Fürstenfeldbruck sieht, die natürliche Vielfalt an Pflanzen und Tieren in den Gewässern, ihre unverfälschte Gestalt und Wasserführung sowie die natürliche Qualität des Oberflächen- und Grundwassers. Dass die Qualität schon besser geworden ist, bestreiten die für den Fluss zuständigen Ämter nicht. Doch die Hürden sind hoch, ohne einige Anstrengung dürften sie nicht bewältigt werden. Nährstoffe aber, die über kleinere und größere Zuflüsse, wie etwa die Maisach, die Glonn und die Würm kommen und die zum Teil aus der Landwirtschaft stammen, belasten einen Fluss wie die Amper. Zum Baden reicht die Qualität jedenfalls nicht aus, regelmäßig warnen die anliegenden Kommunen im Sommer vor dem Schwimmen in der Amper - was vor allem junge Leute nie davon abhält, mit waghalsigen Sprüngen von Brücken ihren Mut zu beweisen.
Der Fluss, der vom Nordufer des Ammersees an Amper heißt, mündet bei Fischen (Landkreis Weilheim) als Ammer und gibt dem See seinen Namen. 1750 Millionen Kubikmeter Wasser passen in den 46,6 Quadratkilometer großen und 81 Meter tiefen Ammersee. Bis aus ihm das Wasser abgeflossen ist kann es fast drei Jahre dauern. Diesen theoretischen Wert geben die Wasserwirtschaftler als Zeitraum für die komplette Erneuerung des Wassers an. Der Ammersee ist also ein riesiger Speicher, der bis zu einem gewissen Maß regulierend wirkt. Ist der Puffer voll, staut sich Wasser zunächst im Ampermoos und bildet ganz natürlich größere Wasserflächen aus. Das ökologische Ziel der Wasserwirtschaft ist es, durch ein künstliches Aufstauen der Amper den Grundwasserspiegel im Ampermoos anzuheben. Der war in den vergangenen Jahrzehnten durch menschliche Eingriffe abgesenkt worden, was das besonders bedeutende Niedermoor gefährdete. Gelingt diese Wiedervernässung, dann könnte sich die Vegetation so erholen, dass die für ein Niedermoor fremden Arten verdrängt und dafür wieder Fauna und Flora begünstigt, die dort standorttypisch sind.
Die sogenannten Retentionsräume, also Flächen, in denen sich ein Gewässer ausbreiten könnte, werden im weiteren Verlauf immer kleiner. Die Besiedelung hat zugenommen und nimmt dem Fluss den Platz, den er bei Hochwasserlagen bräuchte. Das gilt für die Kreise Fürstenfeldbruck, Dachau und Freising gleichermaßen. Bis die Amper bei Moosburg in die Isar mündet, kann er noch viel Schaden anrichten. Nur wenige erinnern sich an das Jahrhunderthochwasser 1940, viele aber noch an die Ausmaße an Pfingsten 1999 oder kürzer zurückliegende Ereignisse.
Die Experten in den Wasserwirtschaftsämtern legen deshalb an Ammer wie Amper großes Augenmerk auf den Hochwasserschutz. Aber ebenso wie sie die Menschen am Fluss schützen wollen, so versuchen sie auch, die Ökologie im Fluss zu schützen. So sollen typische Flussfische wieder heimisch werden, Fische, die die Strömung lieben, wie etwa Nasen, Barben oder Äschen. Dazu werden, wenn es sein muss, auch Treppen und Umleitungen gebaut, damit die Fische den Fluss durchwandern können.