Dass die S-Bahn nach Störfällen manche Haltestellen einfach auslässt, um Verspätungen wieder hereinzuholen, "geht gar nicht", findet der Landtagsabgeordnete Reinhold Bocklet (CSU). Per Antrag fordert er die Staatsregierung auf, die DB-Regio anzuhalten, ihre vertraglichen Verpflichtungen zu erfüllen. Nach Angaben des Gröbenzeller Politikers rauschte die S-Bahn im ersten Halbjahr 2016 in mindestens 85 Fällen an einer Station vorbei. Die Bahn AG erbringe damit nicht die vom Freistaat bestellten und vereinbarten Leistungen, rügt Bocklet. Stationen mit "geringem Verkehrsaufkommen" einfach auszulassen, widerspreche zudem dem Ziel, möglichst viele Bürger zum Umstieg auf den umweltfreundlicheren Öffentlichen Nahverkehr zu bewegen.
Gerade im Bereich der S 3 nach Mammendorf sowie der S 4 nach Geltendorf könnte diese Praxis "weitreichende Folgen für den Straßenverkehr" haben, so der CSU-Abgeordnete. Deshalb werde sich 2017 der Wirtschaftsausschuss des Landtages mit dem Thema beschäftigen. Bocklets Antrag sieht vor, bei Störfällen vorrangig Ersatzzüge einzusetzen, um das S-Bahnsystem zu stabilisieren und Verspätungen abzubauen. Nach Ansicht Bocklets könnten ältere Züge auf den Außenästen bis zum Hauptbahnhof fahren.
Früher fuhren S-Bahnen bei Verspätungen oft nicht bis zur Endstation, sondern wendeten in Buchenau,μMaisach oder Olching, um den Fahrplan wieder zu erfüllen. Seit diesem Jahr lasse man Haltestellen ausfallen, etwa Langwied und Lochhausen auf der S 3, damit die Bahnen schneller fahren und Zeit sparen, erklärte ein Sprecher der Bahn. Der Grundgedanke sei, der Mehrzahl der Fahrgäste "etwas Gutes zu tun". Auf der S 3 verkehren die Züge im Zehn-Minuten-Takt, sodass sich der Schaden in Grenzen halte, wenn ein Zug an einer wenig frequentierten Station vorbeirauscht. Den Einsatz von Ersatzzügen bezeichnete der Bahnsprecher als "illusorisch", wenn bei Störungen im Gesamtsystem viele Züge betroffen sind. Denn dafür müssten Züge und Personal auf allen Außenästen vorgehalten werden. Bis Juni gab es 90 solcher Durchfahrten an Stationen der Münchner S-Bahn, davon 21 auf der S 3 und drei auf der S 4.