Wann genau das Kloster Moosen in seiner heutigen Form errichtet wurde ist unbekannt. Doch kann es in seiner mehr als 600-jährigen Geschichte auf viele Besitzer und Verwendungen zurückblicken. Von einer Burg wurde es zu einem Herrschaftssitz, um als Kloster und Kinderheim seine Bestimmung zu finden.
Schon 1333 wird von einer Burg in Moosen berichtet, welche zum Ende des 14. Jahrhunderts zu einem Herrschaftssitz ausgebaut wird. Der Kupferstich von Michael Wening zeigt das Schloss viel später, um 1720. Zu sehen sind der sogenannte Turmbau mit der angeschlossenen Kapelle. Daneben befindet sich ein Verwaltungsbau, das Mayr-Haus, mit einem Brunnen. 1889 wurden die alten Ökonomiegebäude abgerissen und an deren Stelle das Kinderhaus und der Verwaltungsbau errichtet.
Die ersten namentlich bekannten Besitzer waren im 12. Jahrhundert die Edlen von Moosen, die von 1197 sogar einen Grafentitel führten. Doch schon 1212 war das Geschlecht ausgestorben und die Familie Hampersdorf übernahm das Gut, das im selben Jahr zur Hofmark ernannt. Die Hampersdorfer hielten das Schloss mehr als 200 Jahre lang in ihrem Eigentum. Im Jahre 1418 erwarben die Familie Zeilhofer das Schloss, dessen Besitzer durch Heirat noch im gleichen Jahr Caspar Haßlang wurde. Dessen Nachfahren sollten das Schloss etwa 100 Jahre behalten.
Mitte des 16. Jahrhunderts erwarben es die Edlen von Westach zu Armstorf, die auch das dortige Schloss erbauen ließen. Ungefähr 150 Jahre später verkaufte der letzte Westacher, Johann Ferdinand, 1716 die Hofmark an einen Spross der Familie Gugler, die einst zu den reichsten Münchner Kaufleute gehörten. Doch nur etwa zehn Jahre später gelangten die polnischen Reichsgrafen von Morawitzky in den Besitz von Moosen. 1788 ließ Graf Theodor Topor-Morawitzky einen Mirakeltabernakel mit dem Trauring seiner Mutter in die Schlosskapelle bringen. Der Tabernakel kann heute noch dort bewundert werden. Zwischen 1813 und 1857 wechselte das Schloss mehrfach den Besitzer, bis es vom Dorfener Pfarrhausdirektor Anton Schmitter erworben wurde.
Schmitter richtet nun ein Heim für verwahrloste Kinder ein. Im Jahr 1865 kaufte der Orden der Armen Schulschwestern das Schloss - fortan Kloster - und führte das Kinderheim fort. Zusätzlich eröffneten die Schwestern eine Mädchenvolksschule. Während des Zweiten Weltkrieges beschlagnahmten die Nazis das Kloster. Nach dem Krieg erfolgte die Wiedereröffnung des Kinderheims. 1991 wurden die Gebäude saniert. 2014 stellten die Klosterschwestern die Betreuung der Kinder ein, zum Jahres Ende schließt das Kinderheim ganz. Die Schwestern, die in Kloster Moosen schon länger leben, bleiben jedoch dort wohnen.