Die Gemeinde Taufkirchen hat ein Kommunalunternehmen für den Betrieb des Wasserschlosses gegründet. Das Schloss soll dadurch organisatorisch selbständig werden und zudem ermöglicht das eine Trennung vom kommunalen Haushalt. Die "schlanke Struktur" eines Kommunalunternehmens soll zudem ein schnelles und flexibles Handeln ermöglichen und man hofft darauf, dass man damit auch wirtschaftliche Ergebnisse erzielen kann. Der Gemeinderat hat sowohl die Satzung einstimmig beschlossen als auch die Besetzung des Verwaltungsrates mit sechs Gemeinderäten. Der Verwaltungsrat bestellt den Vorstand, bei dem es sich um den amtierenden Bürgermeister handelt. Zudem wird es einen Geschäftsführer geben, über dessen Besetzung in der ersten Sitzung des neuen Verwaltungsrates entschieden wird.
Die Gemeinde setzt damit konsequent das Versprechen um, beim Wasserschloss für Kostentransparenz zu sorgen. Bereits vor der Entscheidung über den Kauf des Wasserschlosses kamen in einer außerordentlichen Bürgerversammlung die Zahlen beispielsweise zum Brandschutz und zum Unterhalt auf den Tisch. Nun wird auch der laufende Betrieb aus dem Gemeindehaushalt ausgegliedert und somit ohne versteckte Kosten operiert. Mit diesem Konstrukt nahm man im Gemeinderat Kritikern wie den Republikanern den Wind aus den Segeln, die den Standpunkt vertreten, das Wasserschloss sei ein Fass ohne Boden. Auch sie stimmten der Gründung des Kommunalunternehmens zu.
Aufgabe des Kommunalunternehmens ist es, den Bestand des Schlosses zu erhalten, das historische Gebäude zu verwalten, zu vermarkten und zu bewirtschaften. Dazu gehören auch Sanierungs-, Renovierungs- und Erneuerungsmaßnahmen sowie die Denkmalpflege. Das Kommunalunternehmen erhält ein Stammkapital von einer Million Euro. 470 000 Euro davon werden in Kürze gezahlt. Dabei handelt es sich um die Summe, die im Gemeindehaushalt 2017 ohnehin für Brandschutzmaßnahmen im Schloss vorgesehen waren.
Der Betriebsumfang des Kommunalunternehmens umfasst auch, das Schloss mit Veranstaltungen zu beleben, insbesondere solche, die im öffentlichen Interesse sind und der Förderung von Kunst, Kultur und dem Gemeinschaftsleben in der Gemeinde dienen. Im Zusammenhang mit diesem Aufgaben ist das Kommunalunternehmen auch berechtigt, anstelle der Gemeinde Satzungen und Verordnungen über die Benutzung des Wasserschlosses zu erlassen.
Der Vorstand, also Bürgermeister Franz Hofstetter, wird das Kommunalunternehmen eigenverantwortlich leiten und erstellt vor Beginn eines Wirtschaftsjahres einen Wirtschaftsplan, den er dem Verwaltungsrat vorlegt. Außerdem legt er dem Verwaltungsrat halbjährlich Zwischenberichte vor. Der Vorstand kann über Ausgaben bis zu einer Höhe von 15 000 Euro selbst entscheiden. Darüber hinaus muss Hofstetter als Vorstand den Verwaltungsrat unterrichten, wenn Verluste in Form von Mindererträgen oder Mehraufwendungen zu erwarten sind. Wenn es sich gar um Verluste handelt, die Auswirkungen auf den Haushalt der Gemeinde haben können, ist neben dem Verwaltungsrat auch die Gemeinde zu unterrichten.
Der Verwaltungsrat setzt sich aus sechs Mitgliedern zusammen, die der Gemeinderat in der vergangenen Sitzung bestätigt hat. Dabei handelt es sich um Christoph Puschmann (CSU), Manfred Slawny (SPD), Christian Aigner (Freie Wähler), Josef Stummer (Wahlgemeinschaft Gebensbach-Wambach), Stefan Haberl (CSU) und Josef Fanger (Einigkeit Moosen).
Der Verwaltungsrat muss mindestens zweimal jährlich einberufen werden und wenn es mindestens ein Drittel der Mitglieder für erforderlich hält. Beschlüsse können mit einfacher Mehrheit gefasst werden, Stimmenthaltungen sind bei den Abstimmungen nicht zulässig. Die Mitglieder des Verwaltungsrates werden künftig für sechs Jahre gewählt. Die Amtszeit dieses Gremiums endet jedoch mit der Amtszeit des Gemeinderats im Jahr 2020.