Im März 2012 wurde die Marktkirche in Dorfen aus Sicherheitsgründen gesperrt, weil Risse in der Decke auftauchten und die Gefahr bestand, dass Besucher von herabfallenden Putzstücken getroffen werden. Erst nach dem Einbau eines Holzgerüstes unter der Decke konnte sie im Herbst 2012 wieder geöffnet werden. Über die vergangenen fünf Jahre hinweg sind die Schäden in der Kirche analysiert und begutachtet worden. Das Erzbischöfliche Ordinariat hat nun eine Gesamtsanierung genehmigt. Die Kirchenverwaltung hofft, dass 2018 damit begonnen werden kann. Eine erste grobe Kostenschätzung beläuft sich auf ein bis 1,5 Millionen Euro.
Ursprünglich wurde an der Stelle, an der sich die Marktkirche befindet, um 1230 eine kleine Kapelle errichtet, die dem Apostel Petrus geweiht war, und an deren Stelle 1390 eine neue Kirche, die heutige Marktkirche errichtet wurde. Der Heilige Vitus wurde zweiter Patron der Marktkirche und verdrängte im 17. Jahrhundert den älteren Kirchenpatron ganz. Eine Besonderheit sind die eingebauten Läden, von denen nur noch einer besteht. Die alten Dorfener konnten mit dem Besuch der Marktkirche auch ihre Einkäufe verbinden. Ihre heutige Gestalt hat die Kirche 1799 erhalten. Damals wurde bei großen Reparaturen die flache Decke eingezogen und auf einem schönen Deckengemälde stellte der Maler Johann Evangelist Mang Dorfen mit seinen Toren und Häusergiebeln dar.
In dieser Stadtansicht traten die ersten Risse auf, die Anlass zur Sorge gaben. Hauptursache ist nach Angaben von Kirchenpfleger Anton Haberstetter der marode Dachstuhl: "Er hängt durch, im Gebälk befinden sich verfaulte Balken, die Konstruktion hat nachgegeben." Dadurch seien Spannungen in der Decke aufgetreten und Stuck heruntergebrochen. Seit 2013 werden die Risse mit Messuhren beobachtet, sogenannten Rissmonitoren. Fünf sind innen aufgetreten, drei an der Außenwand. Zusammen mit einem Architekturbüro habe die Pfarrei Maria Dorfen bereits umfangreiche Vorarbeiten geleistet, sagte Haberstetter. So sei eine Entwurfsplanung für die Leistungsphasen eins bis drei erstellt worden und dem Vergabeausschuss beim Ordinariat vorgelegt worden, wo dann die Freigabe erfolgt sei. Das Ordinariat habe der Kirche einen Projektsteuerer zugewiesen, der sich mit dem weiteren Vorgehen beschäftige.
Im Rahmen der Generalsanierung soll auch eine neue Empore eingebaut werden. Die alte Empore hatte Stadtpfarrer Hermann Eigner in den 1960er Jahren abreißen lassen. Zudem hatte Eigner einen neuen Hochaltar aufstellen lassen, dabei handelte es sich um den ehemaligen Seitenaltar der Filialkirche Kienraching. Über die Gründe, warum Eigner die Empore abreißen ließ, kann Haberstetter nur spekulieren. "Der war sicher sanierungsbedürftig. Aber Eigner war auch eigenwillig. Er wollte die Kirchenbesucher immer weit vorne und nicht hinten auf der Empore, auf der 30 Leute Platz hatten."
Haberstetter sagte, man habe noch keine Signale des Ordinariats erhalten, dass die Generalsanierung 2018 definitiv erfolgen werde. Aber erfahrungsgemäß sei man zuversichtlich, weil bereits viel geschehen sei: "Der Dachstuhl wurde kartiert, Angebote für die Orgel liegen vor und wir haben Angebote für die Warmwasserheizung eingeholt. Wir waren fleißig." Außerdem sei auch das Landesamt für Denkmalschutz eingebunden und das Ordinariat habe seine grundsätzliche Bereitschaft zur Sanierung erklärt. Bei den Kosten werde die Pfarrei einen erheblichen Eigenanteil schultern müssen, dabei hoffe man jedoch auch auf die Spendenbereitschaft der Dorfener.