Die kirchlichen Hochschulen sind nicht private, sondern öffentliche Einrichtungen - auch wenn man es anders vermuten könnte. Trotzdem bilden sie neben den vom Bund und von den Ländern getragenen öffentlichen und den privaten Hochschulen eine eigene, dritte Säule im Bereich der tertiären Bildung. Sie stehen in der Trägerschaft der evangelischen und katholischen Kirche und sind in der Regel staatlich anerkannt, meist mit einem Schwerpunkt in den Fächern Theologie, Philosophie, Sozialarbeit, Pflegewissenschaften oder Pädagogik. Katholische Hochschulen gibt es in Deutschland bereits seit dem frühen 19. Jahrhundert, evangelische seit Beginn des 20. Jahrhunderts.
In der Bildungslandschaft stehen neben den katholischen und evangelischen Fakultäten an den Universitäten laut Hochschulkompass (www.hochschulkompass.de) knapp 40 staatlich anerkannte Hochschulen in kirchlicher Trägerschaft, ein Viertel mit Promotionsrecht, außerdem um die zwei Dutzend Fachhochschulen sowie etwa zehn Kunst- und Musikhochschulen.
Zu den bundesweit bekanntesten kirchlichen Hochschulen gehören die Katholische Universität Eichstätt-Ingolstadt, die Theologische Fakultät Fulda und die Evangelische Hochschule Berlin. Zu den fünf Ordenshochschulen der katholischen Kirche haben heute alle Studenten und Studentinnen Zugang.
Neben den konfessionsgebundenen gibt es auch einige freikirchliche Hochschulen mit staatlicher Anerkennung. Die Theologische Hochschule Elstal in Brandenburg zum Beispiel ist die zentrale Ausbildungsstätte der Baptisten. Die annähernd 70 Studierenden können nach fünf Jahren in Elstal ihren Master entweder in evangelischer Theologie oder Freikirchlicher Diakonie machen.
Kirchliche Hochschulen müssen sich wie die privaten Hochschulen wiederholt von einer Akkreditierungsagentur prüfen lassen. Im Wintersemester 2014/15 waren an kirchlichen Hochschulen in Deutschland insgesamt 30 271 Studierende eingeschrieben. Die Zahl der Studierenden stieg in den vergangenen Jahren geringfügig, aber dennoch kontinuierlich an. Nahmen im Jahr 1995 noch 4233 junge Männer und Frauen ein Studium an einer kirchlichen Hochschule auf, so waren es im vorletzten Wintersemester bereits 6457.