Die Gefangenen, von denen die meisten ihre Strafen weitgehend verbüßt hatten, wurden in Bussen ins Westjordanland und zum Gazastreifen gefahren.
"Ich respektiere die Freilassung jedes einzelnen Gefangenen, wir brauchen aber einen ernsthaften Prozess der Entlassungen", sagte PLO-Chef Abbas.
Israel gab die Gefangenen im Gegenzug für die Überstellung des israelischen Arabers Asam Asam durch Ägypten frei, der vor acht Jahren wegen Spionage für den jüdischen Staat zu 15 Jahren Haft verurteilt worden war.
Der israelische Regierungssprecher David Baker erklärte, es handele sich um eine Geste des guten Willens gegenüber Kairo. Zuvor war erklärt worden, die Freilassungen sollten die neue Palästinenserführung vor den Präsidentenwahlen am 9. Januar stärken.
Freigelassene besuchen Arafats Grab
Abbas gilt dabei als aussichtsreichster Kandidat für die Nachfolge des gestorbenen Jassir Arafat.
In Ramallah besuchten 16 der Freigelassenen zunächst des Grab Arafats, bevor sie sich zu ihren Familien begaben. Die israelische Regierung hatte zuvor erklärt, sie werden keine Gefangenen entlassen, die wegen direkter Verwicklung in Anschläge "Blut an den Händen" hätten. Etwa 50 der Freigelassenen waren wegen illegalen Aufenthaltes in Israel ins Gefängnis gekommen.
Israelische Soldaten töteten am Montag zwei militante Palästinenser. Im Flüchtlingslager Balata bei Nablus im Westjordanland wurde ein als Waffenschmuggler gesuchter Mann erschossen, der sich einer Festnahme hatte entziehen wollen. Er habe versucht, Soldaten zu überfahren, teilte die Armee mit. Im Norden des Gazastreifens wurde nach palästinensischen Angaben ein Hamas-Mann erschossen, als er dabei war, neben einer Straße Bomben zu verstecken.