Zugleich rief er die irakischen Politiker am Donnerstag dazu auf, sich im Weltsicherheitsrat für die Übertragung der vollständigen Souveränität am 30. Juni einzusetzen.
"Wir hoffen, dass diese Regierung ihrer Verantwortung gerecht wird und das Wohl des Landes über alle anderen Interessen stellt", sagte ein Sprecher des Ajatollah am Donnerstag in Nadschaf.
Zwar fehle der neuen Interimsregierung die Legitimation von Wahlen und nicht alle Gesellschaftsgruppen seien in annehmbarer Weise vertreten, erklärte el Sistani in Nadschaf. Dennoch sei zu hoffen, dass die Regierung"die enorme Aufgabe bewältigt, die auf unseren Schultern lastet".
Eine Ablehnung der Regierung seitens Sistanis hätte deren Glaubwürdigkeit und Machtposition enorm geschwächt. Der Großayatollah genießt unter den Schiiten, die rund 60 Prozent der irakischen Bevölkerung ausmachen, hohes Ansehen und großen Einfluss.
"El Sistani hat auch den neuen irakischen Präsidenten, Ghasi el Jawar aufgerufen, sich um das Wohlergehen aller Muslime zu kümmern", berichtete der Sprecher des Geistlichen.
Den Weg freimachen für freie und faire Wahlen
Die Ernennung der Übergangsregierung sei ein wichtiger Schritt, um den Weg freizumachen für freie und faire Wahlen, die "das Land aus der Krise führen und volle Souveränität herstellen sollen".
El Sistani hatte eine Ernennung der Übergangsführung ursprünglich abgelehnt und stattdessen sofortige Wahlen gefordert.
Unterdessen teilte das Büro des ehemaligen Außenministers Adnan el Padschadschi (81) mit, das frühere Mitglied des inzwischen aufgelösten Regierungsrats wolle bei den für Januar 2005 geplanten Wahlen kandidieren.
Padschadschi war vor zwei Tagen vom UN- Sondergesandten Lakhdar Brahimi und der US-Zivilverwaltung als Übergangspräsident ausgewählt worden, hatte das Amt jedoch abgelehnt und damit die Ernennung El Jawars ermöglicht.
Am Donnerstag flog Padschadschi in die Vereinigten Arabischen Emirate. Ein Sprecher des Politikers betonte jedoch, Padschadschi wolle nur einige Tage Urlaub machen. Er werde der Politik nicht den Rücken kehren.
Im UN-Sicherheitsrat wird unterdessen weiter über eine neue Resolution zur Klärung der Befugnisse der Interimsregierung gerungen. Zu den Beratungen war auch der irakische Außenminister Hoschjar Sebari eingeladen, um die Position der irakischen Regierung zu dem Resolutionsentwurf vorzustellen.
Die Vorlage stößt trotz Änderungen von Seiten der USA und Großbritanniens in mehreren Mitgliedstaaten auf Kritik, darunter auch in Deutschland.