Die Rinderdatenbank HIT in München soll ausgebaut werden, in der für ganz Deutschland mehr als 37 Millionen Einzeldaten erfasst sind.
"Das System schlägt automatisch Alarm, sobald nach einer Schlachtung nicht binnen 14 Tagen die Meldung über einen BSE-Test eingeht", sagte Schnappauf gegenüber Focus.
Unmittelbar danach erhalte das Landesgesundheitsamt eine Fehlermeldung.
"Die zuständigen Veterinäre können dann sehr schnell klären, ob Zahlendreher, verspätete Meldung oder ein fehlender BSE- Test Auslöser des Alarms war", sagte der Minister.
Würde der BSE-Test fehlen, könnte das Fleisch "sofort gesperrt oder aus dem Handel gezogen werden".
Bei einem Abgleich der Daten der Rinderdatenbank aus den ersten neun Monaten des vergangenen Jahres waren bei bundesweit 17 000 Rinderschlachtungen Ungereimtheiten festgestellt worden.
Nach bisherigen Erkenntnissen wurden bundesweit mindestens 611 Tiere ohne den BSE-Test geschlachtet. Rund 4000 Fälle seien noch offen.
"Das System als solches ist gut und funktioniert", betonte Schnappauf in einem dpa-Gespräch.
Aus Millionen von Rinderschlachtungen habe sich binnen kurzer Zeit ein "Bodensatz" von möglicherweise kriminellen Vorgängen herausfiltern lassen.
Mögliche Motive für ein bewusstes Umgehen der Tests seien noch unklar, räumte Schnappauf ein.
Der Test selbst war im vergangenen Jahr in Bayern kostenlos - bei einer Schwarzschlachtung hätte der Bauer aber keine Schlachtprämie erhalten.
Drei Jahre Gefängnis drohen
Staatliche Veterinäre seien nun unterwegs, um die Fälle im Einzelnen aufzuklären. Sollten sich bei den weiteren Überprüfungen gesetzliche Lücken ergeben, müssten die Bestimmungen weiter verschärft werden.
Ein Verstoß gegen das Fleischhygienegesetz wird derzeit mit bis zu drei Jahren Freiheitsstrafe geahndet.
Die Verbrauchergesundheit sei nicht in Gefahr, jedoch das Verbrauchervertrauen, sagte der Minister. Die Vorsichtsmaßnahmen für die Gesundheit seien in Deutschland sehr hoch.
"Wir arbeiten mit Gürtel und Hosenträger. Die Tests in Verbindungen mit der Entfernung des Risikomaterials bieten ein höchstes Maß an Sicherheit."
Für die Tests habe Bayern alleine im vergangenen Jahr 10 Millionen Euro aufgewendet. Die Einrichtung des Überwachungssystems habe weitere Millionen gekostet.
Schnappauf lehnte eine Abschaffung der BSE-Tests strikt ab.
Im Zuge der Vereinheitlichung innerhalb der EU halte er es für möglich, das Mindestalter der Rinder für verpflichtende Test auch in Deutschland von 24 auf 30 Monate heraufzusetzen. "Die Diskussion muss aber in ganz Deutschland geführt werden."