Das Unglück ereignete sich gegen 9.20 Uhr Ortszeit in der Stadt Amagasaki in der Provinz Hyogonahe der Großstadt Osaka. Aus noch unbekannter Ursache entgleisten die ersten vier Wagen des Expresszugs, worauf er in ein Parkdeck im Erdgeschoss eines Wohnhauses raste. Laut Augenzeugen fuhr der 23 Jahre alte Lokomotivführer zu schnell.
Der Zug mit insgesamt sieben Wagen erfasste außerdem ein Auto. Zunächst war unklar, ob dies vor oder nach der Entgleisung der Fall war. Polizei und Feuerwehr erklärten, dass mit einem weiteren Anstieg der Zahl der Toten zu rechnen sei.
Immer noch Menschen eingeschlossen
Auch Stunden nach dem Unglück befanden sich nach Fernsehberichten noch immer sechs Menschen in dem völlig zerstörten Wagen. Der Lokführer erlitt der Nachrichtenagentur Kyodo zufolge schwerste Verletzungen.
Nach Angaben der Eisenbahngesellschaft West Japan Railway (JR West) war der 23-Jährige, der erst über elf Monate Berufserfahrung verfügt, beim vorherigen Bahnhof beim Halten acht Meter zu weit gerollt und hatte zurücksetzen müssen. Er sei daraufhin eineinhalb Minuten später als vorgesehen abgefahren.
In dem Zug befanden sich etwa 580 Fahrgäste. Das Fernsehen zeigte Bilder, wie einer der Wagen regelrecht an dem Wohnhaus klebte und sich um die Ecke des Gebäudes herum wand.
Ein Großaufgebot an Feuerwehr und Krankenwagen versorgten die Verletzten und brachten sie in Kliniken.
Augenzeugen berichteten im Fernsehen, dass sich zum Zeitpunkt des Unglücks viele Schulkinder in dem Zug befanden. Die Zentralregierung in Tokio richtete unterdessen einen Krisenstab ein. Ministerpräsident Junichiro Koizumi forderte die Bahnbetreiber des Landes auf, Maßnahmen zu treffen, damit solch ein Unfall nicht wieder passiert.