Bundespräsident Horst Köhler hat trotz der schweren Verluste der CSU gute Chancen auf eine Wiederwahl im Mai 2009. Wie die ARD und der Internetdienst Wahlrecht.de am Sonntagabend aufgrund der Hochrechnungen des Wahlergebnisses berechneten, kompensieren Freie Wähler und FDP die Mandatsverluste der CSU. Köhler tritt als Kandidat von Union und FDP an, die ihn bereits 2004 nominiert hatten. Auch die Freien Wähler in Bayern haben sich bereits für eine Wiederwahl des amtierenden Staatsoberhauptes ausgesprochen.
Union, FDP und Freie Wähler hätten in der Bundesversammlung voraussichtlich weiter eine, wenn auch äußerst knappe Mehrheit. Auf der Basis der Hochrechnungen sowohl von ARD wie auch dem ZDF sieht Wahlrecht.de für Köhler 613 bis 614 der 1224 zu verteilenden Stimmen in der Bundesversammlung.
Sollte er 613 Stimmen im ersten Wahlgang erhalten, wäre Köhler mit der knappsten denkbaren Mehrheit wiedergewählt. Die von der SPD aufgestellte und mittlerweile auch von der überwiegenden Mehrheit der Grünen unterstützte Kandidatin Gesine Schwan käme demnach auf 606 bis 607 Stimmen. Die übrigen vier Stimmen entfallen auf Vertreter von DVU und NPD.
Die Universitätsprofessorin Gesine Schwan wäre damit auf alle Stimmen von SPD, Grünen und der Linken angewiesen, außerdem bräuchte sie mindestens sechs Stimmen aus dem Lager von Union, FDP und Freien Wählern.
Allerdings gilt ihre Position selbst in der SPD seit dem Rücktritt von Parteichef Kurt Beck als geschwächt. Prominente Mitglieder der Parteiführung waren von Beginn an gegen ihre Kandidatur gewesen, um Spekulationen über eine Kooperation mit der Linken nach der Bundestagswahl zu verhindern.