Das teilte der bundeseigene Konzern nach der konstituierenden Sitzung des Kontrollgremiums mit. Müller folgt damit dem Wunsch der Bundesregierung.
Verkehrsminister Stolpe hatte erklärt, er könne sich den ehemaligen Wirtschaftsminister gut für den freiwerdenden Posten vorstellen.
Der parteilose Müller gehörte dem Bundeskabinett von 1998 bis 2002 an. Er folgt auf TUI-Chef Michael Frenzel, der auf eine neue Kandidatur verzichtet hatte.
Stellvertretender Vorsitzender des Bahn-Aufsichtsrats bleibt Transnet-Chef Norbert Hansen.
Kritik von den Grünen
Der verkehrspolitische Sprecher der Grünen, Albert Schmidt, kritisierte die die Wahl als ein "riskantes Spiel" für die Bahn. Wie Bahn-Vorstandschef Hartmut Mehdorn stehe auch Müller Bundeskanzler Gerhard Schröder (SPD) nahe.
"Ich glaube kaum, dass sich im Falle eines Regierungswechsels eine CDU-Regierung einen zweiten Schröder-Mann vorsetzen lassen wird", betonte Schmidt. Mit der Wahl Müllers sei das Risiko eines Wechsels an der Unternehmensspitze gewachsen. Der Stuhl Mehdorns wackele noch stärker.
Schmidt kritisierte zudem die Art des Abgangs von Müllers Vorgänger an der Spitze des Bahn-Aufsichtsrates, TUI-Chef Michael Frenzel. Der Grünen-Politiker warf Bahn-Chef Mehdorn vor, über das Bundeskanzleramt "bereits zum zweiten Mal einen Aufsichtsratswechsel durchgesetzt zu haben".
Vorwürfe an Bahnchef-Mehdorn
Dies sei ein "beispielloser Vorgang". Mehdorn könne mit Unterstützung Schröders offenbar alles erreichen. Es zeige zudem, dass der Bahn-Aufsichtsrat gegenüber der "Achse Schröder-Mehdorn" nur wenig Macht habe.
Frenzel hatte Ende Juni bekanntgegeben, für eine weitere Amtszeit nicht mehr zur Verfügung zu stehen. Grund war die Entscheidung von TUI, die Kesselwagen-Tochter VTG nach Frankreich zu verkaufen. Die Bahn hatte erfolglos für das Unternehmen mit geboten.
Das Verhältnis zwischen Frenzel und Mehdorn galt nach dieser Niederlage als zerrüttet. Zuvor hatte bereits im März 2001 der damalige Bahn-Aufsichtsratschef Dieter Vogel im Machtkampf mit Mehdorn das Handtuch geworfen.