Der Gesundheitsexperte Zöller war einziger Kandidat der Wahl in der CSU-Landesgruppe. Der 62-Jährige erhielt 54 Ja- von 55 abgegebenen Stimmen.
Der CDU-Teil der Unions-Bundestagsfraktion muss der Personalie nicht mehr zustimmen.
Seehofer gab seinem Nachfolger gute Wünsche für die neue Aufgabe mit. Es gebe "kaum ein Politikfeld, das minenhaltiger ist", sagte er im ZDF. Er habe Zöller geraten, authentisch zu bleiben.
Sein Amt als stellvertretender Parteivorsitzender der CSU will Seehofer unter allen Umständen verteidigen. Im ZDF bekräftigte er, er werde "entschieden" um seine Position kämpfen.
Andernfalls drohe den Christsozialen ein Bedeutungsverlust in der Bundespolitik, sagte Seehofer. Er wies darauf hin, dass er der einzige Stellvertreter von Parteichef Edmund Stoiber in der Bundespolitik sei.
"Noch wird ein stellvertretender Parteivorsitzender nicht ernannt, sondern von der Basis gewählt", betonte er CSU-Politiker. Die CSU-Politikerin Barbara Stamm hatte die Frage aufgeworfen, ob Seehofer als stellvertretender CSU-Vorsitzender weiter tragbar sei.
Seehofer war am Montag zurückgetreten, weil er den Kompromiss von CDU und CSU zur Reform der gesetzlichen Krankenversicherung nicht mittragen wollte. Zöller hat den Kompromiss zur Kopfpauschale hingegen verteidigt.