Kaplan wird vorgeworfen, Drahtzieher eines geplanten Anschlags 1998 auf tausende Militärangehörige und Würdenträger aus dem In- und Ausland gewesen zu sein.
Innenminister Otto Schily (SPD) nannte die Abschiebung ein "Symbol für die wehrhafte Demokratie" und sieht den Fall nun als "abgeschlossen" an.
Schily sagte im ZDF, er gehe davon aus, dass Kaplan in der Türkei ein fairer Prozess gemacht werde. Dies habe Ankara der Bundesregierung garantiert. "Ich bin überzeugt, dass diese Garantien eingehalten werden".
Der 51-jährige Extremist war am Dienstag nach jahrelangen juristischen Auseinandersetzungen aus Deutschland abgeschoben worden. Nur Stunden zuvor hatte das Kölner Verwaltungsgericht grünes Licht für die Ausweisung gegeben.
Am Dienstagmorgen hatte das Kölner Gericht bekannt gegeben, dass Kaplan, der frühere Anführer der inzwischen verbotenen Organisation "Kalifatstaat", abgeschoben werden könne.
"Identifikationsfigur für den islamischen Extremismus"
Daraufhin wurde er in einem Internet-Café in Köln festgenommen. Einige seiner Anhänger leisteten dabei Widerstand.
Nach dem Urteil des Gerichts ist Kaplan "als Identifikationsfigur für den islamischen Extremismus" anzusehen. Es sei notwendig, seinen Aufenthalt zu beenden.
Die Entscheidung des Bundesverwaltungsgerichts in Leipzig, wo ein Revisionsverfahren anhängig ist, müsse deshalb nicht abgewartet werden.
Zuletzt war im Mai ein Versuch gescheitert, Kaplan abzuschieben, weil die Behörden ihn zunächst nicht hatten ausfindig machen können, obwohl er Köln nicht verlassen durfte.
Eine Beschwerde gegen die Kölner Entscheidung vor dem Oberverwaltungsgericht Münster, die die Abschiebung möglicherweise noch hätte stoppen können, ging bis Dienstagabend nicht ein.
Das nordrhein-westfälische Oberverwaltungsgericht hatte bereits im Mai grünes Licht für die Abschiebung gegeben, allerdings Revision in Leipzig zugelassen.
Dieses Verfahren, mit dem sich Kaplan ein vorläufiges Bleiberecht sichern wollte, wird nach Kölner Gerichtsangaben auch verhandelt. Ob Kaplan dafür wieder einreisen könne, sei allerdings offen. Schily erwartet nicht, dass Kaplan dies durchsetzen werde.
Kaplan hatte eine vierjährige Haftstrafe wegen eines Mordaufrufs verbüßt. Er kämpfte mit dem Argument gegen seine Abschiebung, dass ihm in der Türkei ein nicht rechtsstaatlicher Prozess drohe.