Guardiola beteuerte stets seine Unschuld. Er habe lediglich Vitamine genommen, sein Körper soll ungewöhnlich viel Nandrolon produzieren. Die Haftstrafe musste er auch nie antreten. Nach diversen Prozessen wurde er 2009 von einem Berufungsgericht vom Dopingvorwurf letztinstanzlich freigesprochen; die Doping-Analysen seien unglaubwürdig gewesen.
Auch die zweite Episode während seiner Barcelona-Pause war außergewöhnlich. Als im Jahr 2003 viele Beobachter das Golf-Emirat Katar noch als unbedeutendes Land am Rande der sportlichen Hemisphäre abtaten, wechselte der Katalane in die dortige Profiliga, um sich gemeinsam mit Spielern wie Hierro, Effenberg oder Basler im Wüstensand das Austrudeln der Karriere gut bezahlen zu lassen.
Zwei Jahre spielte er bei Al-Ahli Sports Club in Doha. Die Bande zwischen ihm und Katar, das dank seiner Öl- und Gas-Milliarden im Weltsport inzwischen eine zentrale Rolle spielt, blieben auch danach bestehen.
Als sich das Emirat um die Ausrichtung der Weltmeisterschaft 2022 bewarb, unterstützte Guardiola dieses Ansinnen als Botschafter. Den Missmut mancher Menschenrechtler zog er sich zu, als er sagte, in Katar gebe es sehr wohl Frauenrechte - schließlich habe er sie dort mit eigenen Augen arbeiten, Auto fahren und über die Straße laufen sehen.
Während seiner Amtszeit als Barça-Coach stieg eine katarische Stiftung als Trikotsponsor bei den Katalanen ein, nachdem es auf der Brust der Klubtrikots 111 Jahre lang keine kommerzielle Werbung gegeben hatte.
Und in der Endphase von Guardiolas Arbeit in Barcelona soll es auch zu einer Offerte für die katarische Nationalelf gekommen sein - Marca berichtete von einer möglichen Jahresgage von 36 Millionen Euro. Doch im aktuellen Werben mussten sich die von Scheichs alimentierten Klubs wie Paris Saint-Germain oder Manchester City den Bayern geschlagen geben.
