Die Stichwahl zwischen beiden findet am 17.April statt. Mit nur 0,2 Prozentpunkt Abstand auf Gasparovic scheiterte der haushohe Favorit, Außenminister Eduard Kukan, knapp. Er war der Kandidat der Slowakischen Christlichen und Demokratischen Union (SDKU) von Ministerpräsident Mikulas Dzurinda. Amtsinhaber Rudolf Schuster verlor stark.
Das gleichzeitig abgehaltene Referendum über ein vorzeitiges Ende der Legislaturperiode scheiterte am Samstag, weil die erforderliche Wahlbeteiligung von 50Prozent nicht erreicht wurde. Dzurindas Mitte-Rechts-Regierung hat keine stabile Mehrheit mehr im Nationalrat, ebenso wie die Opposition. Daran wird sich nun vorerst nichts ändern.
Meciar erhielt 32,7 Prozent der Stimmen, Gasparovic 22,3, Kukan 22,1 und Schuster 7,4. Der Kandidat der fundamentalistischen Christdemokratischen Bewegung und der Partei der Ungarischen Koalition, Frantisek Miklosko, und der menschrechtsorientierte Martin Butora landeten bei etwa 6,5 Prozent. Weitere Kandidaten blieben unter einem Prozent, womit auch deren Empfehlungen für die Stichwahl keine Bedeutung haben dürften.
Die Wahlbeteiligung blieb mit 47,9 Prozent weit hinter den Erwartungen zurück.
Meciar war 1998 mit seiner nationalpopulistischen Bewegung für eine Demokratische Slowakei (HZDS) als Premier abgewählt worden und hatte bei der Präsidentenwahl 1999 gegen Schuster verloren. Er galt einst als autoritär und isolationistisch. EU und Nato hielten das Land zu seiner Regierungszeit für nicht beitrittsreif, was sich unter den Koalitionsregierungen Dzurindas völlig verändert hat: Die Slowakei ist soeben der Nato beigetreten, die EU nimmt sie am 1.Mai als Mitglied auf.
Aber auch Meciar hat sich geändert: Er gibt sich heute als glühender Verfechter der Integration in die politischen, wirtschaftlichen und militärischen Strukturen des Westens. Kenner seiner Person halten das für einen ernst zu nehmenden Wandel.
Kukans Ausscheiden ist eine schwere Niederlage für Regierungschef Dzurinda und seine SDKU. Gasparovic, der den Außenminister knapp geschlagen hat, gründete nach einem Zerwürfnis mit Meciar die Bewegung für Demokratie (HZD). Ausschlaggebend für ihn war nun die Unterstützung der oppositionellen linkspopulistischen Bewegung Smer unter Robert Fico, die heute wohl stärkste Kraft im Lande.
Der Ausgang der Stichwahl gilt daher als völlig offen. Das Amt des Präsidenten ist weithin repräsentativer Natur. Der derzeitige Amtsinhaber Schuster hatte intensiv das Recht genutzt, Gesetze zur Nachbesserung ans Parlament zurückzureichen. Die meisten Einsprüche wurden dort jedoch mit absoluter Mehrheit abgeschmettert.