Bundeskanzlerin Angela Merkel (CDU) hat Agrarminister Christian Schmidt (CSU) wegen dessen Verhalten im Streit um das Unkrautvernichtungsmittel Glyphosat deutlich kritisiert. Merkel sagte, mit seinem Abstimmungsverhalten in Brüssel habe das Agrarministerium gegen die Geschäftsordnung der Regierung verstoßen. Der Vertreter des Agrarministeriums hatte am Montag dafür gestimmt, den Einsatz von Glyphosat in der EU weitere fünf Jahre zu erlauben. Ohne das deutsche Ja hätte es dafür nicht die nötige Mehrheit gegeben. Umweltministerin Barbara Hendricks (SPD) hatte sich gegen eine derartige Verlängerung ausgesprochen, Deutschland hätte sich deshalb in Brüssel enthalten müssen. Merkel sagte, sie habe mit Schmidt gesprochen. Sein Verhalten sei "etwas, was sich nicht wiederholen darf", ansonsten sei ein "gedeihliches" Arbeiten in der Bundesregierung nicht möglich. Fragen, warum sie Schmidt wegen des Vorfalls nicht entlasse, wich Merkel aus.
Das Verhalten Schmidts belastet die geplanten Gespräche zwischen Union und SPD über die Bildung einer Regierung. Der parlamentarische Geschäftsführer der SPD-Fraktion, Carsten Schneider, sagte, das Kanzleramt sei offensichtlich derzeit nicht in der Lage, seine Aufgaben wahrzunehmen. Der "Autoritätsverlust der Bundeskanzlerin" sei greifbar geworden. Merkel ist jedoch in keiner einfachen Lage. Sie kann einen von der CSU gestellten Minister nur mit Billigung von CSU-Chef Horst Seehofer entlassen - jedes andere Vorgehen hätte unabsehbare Folgen für das Verhältnis zwischen den beiden Schwesterparteien. Schmidts Vorgänger Hans-Peter Friedrich (CSU) wurde 2014 mit Billigung Seehofers aus dem Bundeskabinett gedrängt. Schmidt hingegen wird von Seehofer verteidigt. Der CSU-Chef sagte, er könne "nicht verstehen, dass ein Minister so abgekanzelt wird". Schmidt habe die Rückendeckung der CSU. Das Agrarministerium hatte bereits seit Monaten nach Wegen gesucht, wie es in Brüssel das Glyphosat-Veto des Umweltministeriums umgehen kann. Das ergibt sich aus Akten, die Süddeutsche Zeitung, WDR und NDR einsehen konnten. Demnach empfahl das zuständige Fachreferat für Pflanzenschutz Minister Schmidt bereits am 7. Juli zu prüfen, ob man ohne das Einverständnis des Umweltministeriums dem Vorschlag der EU-Kommission "eigenverantwortlich" zustimmen könne.
Wenige Wochen später bat die Fachabteilung die Leitungsebene des Ministeriums darum, bei der Kanzlerin eine Weisung zu erwirken. Dadurch sollte ermöglicht werden, dass das Agrar- ohne Rücksicht auf das Umweltministerium in Brüssel der Verlängerung der Glyphosat-Zulassung zustimmen kann. Das Schreiben an die Leitungsebene vom 24. August ist mit einer Fußnote versehen. In ihr wird darauf verwiesen, dass Merkel sich auf dem Deutschen Bauerntag für Glyphosat ausgesprochen habe. Die Fachabteilung des Agrarministeriums war mit ihrem Vorstoß aber offensichtlich nicht erfolgreich. Die Bundeskanzlerin sagte am Dienstag, das Verhalten Schmidts habe "nicht der Weisungslage" entsprochen.