Erst nach dem Ende seiner Regierungszeit, 1999, wurde Kohls CDU-Spenden-Affäre publik. Es wurde bekannt, dass die Partei unter Kohl in den 90er Jahren "schwarze Konten" mit Spendengeldern geführt hatte. Der ehemalige Bundeskanzler bestätigte dies, aber wollte nicht zur Aufklärung beitragen. Hartnäckig weigerte er sich, die Namen der Spender zu nennen. Begründung: Er habe sein Ehrenwort gegeben, zu schweigen. Kohl trat daraufhin vom Amt des CDU-Ehrenvorsitzenden zurück.
Die neue Generalsekretärin Angela Merkel distanzierte sich öffentlich vom CDU-Übervater aus der Pfalz, auch sein einstiger Vertrauter Schäuble brach mit Kohl. Als auch Schäuble von den Ausläufern der Schwarzgeld-Affäre erfasst wurde, musste er seine Posten räumen - der Weg für Angela Merkel zur Macht war frei.