1984 wird er wegen Unterschlagung öffentlicher Gelder verhaftet, jedoch nach elf Monaten wegen Mangel an Beweisen wieder freigelassen. 1989 beginnt der Arzt und Hobbydichter dann seinen Weg in die Politik.
1990 wird er erster Vorsitzender der neuen Serbischen Demokratischen Partei (SDS) in der jugoslawischen Teilrepublik Bosnien-Herzegowina. Die Partei ist für einen Verbleib in der jugoslawischen Föderation, während die Bosniaken einen unabhängigen Staat anstreben und die Kroaten in Herzegowina sich in Richtung des 1991 als unabhängig ausgerufenen Staates Kroatiens orientieren. Es kommt zu Spannungen zwischen den Gruppen. Von 1990 bis 1992 ist Karadžić Parlamentspräsident der Sozialistischen Republik Bosnien-Herzegowina innerhalb Jugoslawiens.
Im Januar rufen die Serben in Bosnien die Serbische Republik Bosnien und Herzegowina (Republika Srpska) aus, die ein Teilstaat Jugoslawiens sein soll. Karadžić wird ihr Präsident. Im März 1992 erklärt allerdings Bosnien-Herzegowina seine Unabhängigkeit. Es kommt zum Bürgerkrieg zwischen den Serben der Republika Srpska und den Bosniaken und Kroaten, der bis 1995 dauert. Bis 1996 bleibt Karadžić Präsident der Serbischen Republik.