Nach Paul Spiegel übernahm 2006 Charlotte Knobloch als erste Frau das Präsidentenamt. Mit ihrem Einsatz erreichte sie, dass am 9. November 2006 das neue jüdische Gemeindezentrum mit Synagoge in München eröffnet wurde. Auch ist es ihr zu verdanken, dass "das Wort des Zentralrats gehört wird und Gewicht hat", wie der bayerische Ministerpräsident Horst Seehofer jetzt zum 60-jährigen Bestehen sagte. Doch wurde ihr auch vorgeworfen, den Generationenwechsel in der Führung des Zentralrats und eine angemessene Beteiligung der Einwanderer zu behindern. Nach internen Querelen erklärte Knobloch, im November nicht mehr für eine zweite Amtszeit kandidieren zu wollen. Mit Knoblochs Abtritt wird eine Ära enden: Ihr Nachfolger wird der erste Vorsitzende des Zentralrats sein, der den Holocaust nicht selbst erlebt hat.