In der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie, die im Jahr 2000 in Kraft getreten und voraussichtlich 2027 abgeschlossen sein soll, ist der "gute ökologische Zustand" aller Gewässer als Ziel definiert. Wenn Fließgewässer die gesetzten Standards nicht erreichen, müssen Maßnahmen zur Strukturverbesserung umgesetzt werden. In einem Teilabschnitt der Isar ist das der Fall: Zwischen Sylvensteinspeicher und Bad Tölz hat das Wasserwirtschaftsamts (WWA) Weilheim in einer aktuellen Bewertung den ökologischen Zustand der Isar als "unbefriedigend" eingestuft. Als Grund nannte die Behörde, dass in diesem Abschnitt Fische nur unzureichende Lebensräume vorfinden.
Das WWA will nun bis spätestens 2024 ein Verbesserungskonzept umsetzen: So sollen vorrangig an den Wehren in Fleck an der Isar und in Leger an der Jachen Umgehungsgewässer oder Fischaufstiegsanlagen gebaut werden. Um die biologische Durchgängigkeit und die Passierbarkeit für Fische zu erhöhen, sind auch an anderen Stellen - an der Isarburg, am Flecker Triebwerkkanal und auf Höhe Hohenwiesen - Verbesserungen nötig. Durch den Ankauf von Grundstücksflächen südlich von Rauchenberg und nordwestlich der Pestsäule soll die eigendynamische Entwicklung der Isar gefördert werden.
Ebenfalls zu diesem Zweck will das WWA auf einer Länge von gut zwei Kilometern zwischen Hohenwiesen und Bad Tölz die Ufersicherungen entfernen. So soll auch die Ausbildung vielfältiger Uferstrukturen unterstützt und das Geschiebedefizit reduziert werden - ohne freilich Siedlungen oder Verkehrswege zu gefährden. Der Gemeinderat billigte die vorgeschlagenen Maßnahmen einstimmig, lehnte allerdings auf Vorschlag der Verwaltung den Rückbau von Ufersicherungen im Bereich Schlegldorf, Höhe Seiboldhöfe, ab: Der Fußweg verlaufe hier unmittelbar neben der Isar. "Die Rückbauten hätten sicherlich zur Folge, dass der Weg bei einem Hochwasserereignis beschädigt oder zerstört würde", sagte Bauamtsleiter Toni Bammer. In der Stellungnahme der Gemeinde ist zudem ausdrücklich vermerkt, dass der landschaftlich und geologisch besonders schützenswerte Bereich "Isarburg" durch die geplanten Maßnahmen nicht gefährdet werden dürfe. Zweiter Bürgermeister Franz Schöttl (CSU) würdigte die Erfolge der Wasserrahmenrichtlinie. "Sie hat Dinge gebracht, die man sich nicht hätte träumen lassen." Die Richtlinie habe Maßnahmen erzwungen, die "starke Verbesserungen für die Landschaft Isar und den Fluss selbst" gebracht hätten. Wichtig sei, dass das WWA stets den Austausch mit der Gemeinde und den Vereinen suche, die sich seit Jahrzehnten mit der Thematik befassten. Schöttl nannte als Beispiele den Lenggrieser Verein "Rettet die Isar jetzt" sowie die Fischereiberechtigten.
Hans Proisl (FWG) bemängelte, dass das WWA zwar den Aus- oder Rückbau von Anlagen vorsehe, sich aber nicht zur "extremen Nutzung" der Isar durch die vielen Schlauchbootfahrer äußere. Das WWA sei für den "hydromorphologischen Zustand" des Flusses und für die Fischfauna zuständig, erklärte Bürgermeister Werner Weindl (CSU). Eine Verordnung für die verträgliche Nutzung durch Freizeitsportler obliege dem Landratsamt. Im Herbst habe es dazu eine Internet-Umfrage gegeben, derzeit werde an einem Entwurf gearbeitet. "Da werden wir sicher beteiligt", sagte Weindl. Bernhard Simon (CSU) kritisierte, auf den Wanderwegen entlang der Isar würden Bäume gefällt und liegen gelassen. Das WWA wolle einen "Urwald", vermutete Simon. "Aber schön schaut das nicht aus."