Während die Cipra einen Neubau von Wasserwerken in den bayerischen Alpen ablehnt, sieht sie bei der Windenergie Potenzial - jedoch unter strengen Kriterien. Der Alpenraum als Lebensraum für zahlreiche Tier- und Pflanzenarten sei tabu, ebenso Naturschutzgebiete und "ornithologisch besonders bedeutsame Gebiete". Zu den besonders schützenswerten Vögel zähle zum Beispiel der Rotmilan. Hans-Joachim Fünfstück vom Landesbund für Vogelschutz sieht Deutschland hier in einer "weltweiten Verantwortung", weil mehr als die Hälfte der als gefährdet geltenden Vogelart in der Bundesrepublik brüten: "Wenn wir weiter die Vögel schreddern, kriegt diese Art ein Problem." Der Rotmilan fliegt unter anderem über die Wadlhauser Gräben, wo die Gemeinde Berg Windkraftanlagen errichten möchte, und liefert den lokalen Windradgegnern so eines ihrer zentralen Argumente.
Den Vorstoß von Bayerns Ministerpräsident Horst Seehofer (CSU), der Abstand von Windrad zur Wohnbebauung müsse zehnmal so groß sein wie die Anlage hoch, wertet der Energieexperte des Bundes Naturschutz, Herbert Barthel, als "höchst schädlich". Damit würden in Bayern keine Flächen übrig bleiben. Die Verbraucher von Strom sei die Menschen, nicht die Natur: "Wir sollten Windkraftanlagen nicht in die letzten natürlichen Ecken bauen."