Zwischen Grafrath und Schöngeising darf die Amper ganzjährig befahren werden. Auf den Abschnitten zwischen dem Ammersee und Grafrath und ab Schöngeising ist das Bootfahren wegen brütender Vögel nur von 15. Juli bis einschließlich März erlaubt. Eine Einstiegsmöglichkeit für Bootsfahrer ist beim Gebäude der Wasserwacht in Grafrath, unmittelbar neben der Amperbrücke der B 471. Dort befindet sich ein öffentlicher Parkplatz, der auch vom Grafrather S-Bahnhof aus bequem in etwa zehn Gehminuten zu erreichen ist.
Wer ein eigenes oder geliehenes Boot hat, kann seine Fahrt dort beginnen. Die Amper kann in Schöngeising kurz hinter dem Wehr des Elektrizitätswerks wieder verlassen werden. Am linken Flussufer befinden sich eine Leiter und eine Rampe für die Boote. Der Ausstieg ist in der Nähe der Gaststätte "Zum Unter'n Wirt", die rund 20 Gehminuten vom S-Bahnhof Schöngeising entfernt liegt.
Wer kein eigenes Boot hat, kann auf das Angebot der Firma "Action- und Funtours" zurückgreifen und unter Telefon 089 / 850 59 04 Schlauchboote für acht, elf oder mehr Personen sowie Kanadier für zwei Personen mieten. Die Gautinger Firma bietet außerhalb der Brutzeit der Vögel auch Touren von Stegen und bis nach Fürstenfeldbruck-Buchenau an.