Der Bund Naturschutz spricht sich entschieden gegen einen Verladebahnhof im Kraillinger Tanklager aus. Die Kreisgruppen Fürstenfeldbruck, München und Starnberg sowie die Ortsgruppen Gauting, Germering, Krailling und Würmtal Nord haben sich unlängst zu dem geplanten Projekt ausgetauscht. Ihr Fazit: "Dieses Großprojekt ist inakzeptabel für Natur und Mensch." In einer Mitteilung betonte der Verein zudem die Gefahr, der Bahnhof könnte ein Türöffner für weitere umweltschädliche Projekte sein. Die Naturschutz-Gruppen befürchten zudem, dass für die Erschließung enorme Kosten auf den Staat zukommen.

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Bei genauerer Betrachtung erachtet der Bund Naturschutz die Pläne der Metrans, ein Tochter-Unternehmen der Hamburger Hafen und Logistik AG (HHLA), für einen Containerbahnhof allerdings als unrealistisch, "da der Aufwand an Gleisneubauten bis nach Pasing und darüber hinaus gegenüber anderen Standorten im Münchner Umland viel zu groß ist".
Zudem liege der Standort sehr ungünstig für die Anbindung der Autobahnen und Bahnstrecken aus dem Norden an den Güterbahnverkehr zum Brenner-Basistunnel. "Die Ankündigung des Großprojektes dient mutmaßlich nur dazu, Widerstand zu erzeugen und dann eine weniger beeinträchtigende und trotzdem kommerziell lohnende Nutzung als kleineres Übel durchzusetzen."