Elser, den Hitler nach dem von ihm erhofften "Endsieg" in London in einem Schauprozess hatte aburteilen lassen wollen, wurde am 9. April 1945 im Konzentrationslager Dachau ermordet. Seine letzten acht Lebenswochen hatte er dort als "Sonderhäftling Eller" im sogenannten Bunker in einer Einzelzelle verbracht. Daran erinnert eine Gedenktafel. Ein Grab hat Elser nicht bekommen. Die SS verbrannte Elsers Leiche. Er sei bei einem alliierten Luftangriff ums Leben gekommen, behaupteten die Nazis. Nur zwanzig Tage später befreiten amerikanische Soldaten das Lager.
Anlässlich des 75. Jahrestags des Attentats versuchte Dirk Riedel, damals Historiker an der Dachauer SZ-Gedenkstätte, zu erklären, warum Deutschland sich so lange so schwer tat mit der Erinnerung an den Widerstandskämpfer: "Elser hält der deutschen Gesellschaft den Spiegel vor."