Die Brunnthaler Kommunalpolitik ist und bleibt konservativ dominiert. Die CSU stellt seit 2002 in Person von Stefan Kern den Bürgermeister, der mit den zehn CSU-Gemeinderatsmitgliedern über eine stabile Mehrheit verfügt. Dass Thomas Mayer (CSU), seit 2014 Zweiter Bürgermeister, in der konstituierenden Sitzung in diesem ersten Stellvertreteramt bestätigt worden ist, versteht sich fast von selbst. Gemeinderätin Hilde Miner (Grüne) probierte es als Alternative zu Mayer, erhielt jedoch nur sechs von 21 Stimmen.
Geradezu progressiv war aber die Wahl von Sonja Hahnel (UBW) zur Dritten Bürgermeisterin, die den bisherigen Amtsinhaber Robert Huber (PWB) ablöst, der gleichwohl gar nicht als Kandidat angetreten war. Hahnel setzte sich mit 17 zu vier Stimmen gegen Miner durch und ist nun die erste Frau in Brunnthal auf einem Bürgermeister-Stellvertreterposten. 2020 war die damalige CSU-Gemeinderätin Ulla Gocke für das Amt der Dritten Bürgermeisterin angetreten, aber trotz CSU-Dominanz nicht gewählt worden. Aus Enttäuschung trat sie danach aus der CSU aus.
