Fahrgäste der S 4 werden nach dem Zugunglück von Emmering voraussichtlich auch an diesem Freitag noch zum Teil in Ersatzbusse umsteigen müssen. Die Deutsche Bahn teilte mit, sie arbeite "mit Hochdruck" an der Reparatur der Strecke, bei der auch die Hochspannungsleitung beschädigt wurde. Die S-Bahn-Gleise blieben aber voraussichtlich am Freitag im Berufsverkehr noch gesperrt. Die Regionalzüge aus dem Allgäu sollten am Donnerstagabend bereits wieder auf einem Gleis fahren und zwischen Geltendorf und München außerplanmäßig in Fürstenfeldbruck, Eichenau und Puchheim halten. Durch die Eingleisigkeit und die zusätzlichen Stopps muss nach Angaben der Bahn mit Verspätungen bis zu 30 Minuten gerechnet werden. Auch die Ersatzbusse brauchen deutlich länger als die S-Bahn.
Bis Donnerstagnachmittag war der gesamte Zugverkehr zwischen Puchheim und Fürstenfeldbruck unterbrochen. Um die Lücke zu überbrücken, konnte die Bahn nach Angaben eines Sprechers bis 8 Uhr morgens ausschließlich auf Taxis zurückgreifen, weil alle Busse durch den Schulverkehr beansprucht wurden. Danach setzte die Bahn neben den Taxis auch 17 Ersatzbusse ein. Der Transport funktionierte danach in Richtung Geltendorf reibungslos. Über ihren per Mail verschickten "Streckenagenten" riet die Bahn ortskundigen Fahrgästen, über die Querverbindungen mit Linienbussen von Fürstenfeldbruck, Eichenau oder Puchheim auf die benachbarten Linien S 8 oder S 3 auszuweichen.
Passagieren, die durch die Folgen des Zugunglücks Verspätungen in Kauf nehmen mussten, bietet die Bahn eine Entschädigung an. Dazu müssen sie unter der Telefonnummer 089/20 35 50 00 beim Kundendialog der S-Bahn München anrufen. In den betroffenen S-Bahnen der Linie 4 wurde die Telefonnummer durchgesagt. Zum Teil waren die Ansagen jedoch schwer verständlich oder zu schnell, sodass nur wenige die Nummer notieren konnten. Fahrgäste, die bei der Hotline anrufen und ihre Adresse angeben, erhalten einen Reisegutschein. Die Höhe der Ermäßigung steht laut einem Mitarbeiter des Kundenservice der Bahn noch nicht fest. Auch Abonnement-Kunden der Bahn oder der MVG können dieses Angebot nutzen.