Noch vor dem Beginn des Zweiten Weltkriegs wird im NS-Staat erstmals die Idee einer Autobahn von München nach Passau entworfen. Damals und bis in die 1970er Jahre gehen die Planer wie selbstverständlich davon aus, dass man die seit jeher bestehende Straßenverbindung an Haag in Oberbayern vorbei und über Mühldorf, sprich die Bundesstraße B 12, vierspurig ausbauen würde. 1977 kommt es wie ein Donnerschlag, dass im Raumordnungsverfahren ein 33 Kilometer langer Abschnitt abseits der B 12 untersucht wird: die Isentaltrasse. Als Begründung heißt es, die Region um Dorfen brauche die Autobahn als Entwicklungshilfe.
Sofort formiert sich Widerstand in der betroffenen Region. 1978 wird der Verein "Die bessere Lösung" gegründet, in Dorfen entsteht die "Aktionsgemeinschaft gegen die A 94". Ein erster Erfolg ist es, als 1982 Bundesverkehrsminister Volker Hauff (SPD) eine Prüfung der Trasse Haag anordnet.
Sechs Jahre später beginnt das Planfeststellungsverfahren mit der Streckenführung durchs Isental als Präferenztrasse. 1991 fordert der Bundestag einen Trassenvergleich, da laut Aussage aus Bayern beide Varianten gut seien. Ministerpräsident Edmund Stoiber (CSU) sieht das anders und schließt 1993 die Trasse Haag aus. 1996 beginnt das Planfeststellungsverfahren neu.
Während die Planungen andauern, bereiten die sich Gegner der Isentalautobahn darauf vor, das Projekt vor Gericht zu stoppen. Die Staatsregierung will die Trasse Dorfen gesetzlich fixieren, was mit einer Klage angefochten wird. 2003 legt der Planfeststellungsbeschluss für den Abschnitt Forstinning-Pastetten den weiteren Verlauf der A 94 durchs Isental fest. Beim Prozess gegen dieses Teilstück 2005 am Bayerischen Verwaltungsgerichtshof (VGH) verlangen die Richter eine Naturschutzprüfung für die FFH-Gebiete an der Isen. Diese Sache geht zum Europäischen Gerichtshof in Luxemburg, der ein Jahr darauf den Schutzstatus der FFH-Gebiete im Isental bestätigt. Die Planungen werden daraufhin abgeändert.
2007 gibt es in der zweiten Runde vor dem VGH eine totale Niederlage für die Gegner der Isentalautobahn. Alle Klagen werden abgewiesen und eine Revision durch die letzte Instanz, das Bundesverwaltungsgericht, nicht zugelassen.
2008 beginnen die Bauarbeiten des Abschnitts Forstinning-Pastetten, obwohl noch nicht einmal das VGH-Urteil schriftlich vorliegt. Die Proteste gehen weiter. 2009 steht die Klage gegen den Abschnitt Pastetten-Dorfen an. Die Hoffnungen sind nicht groß und tatsächlich weist der VGH 2010 erneut die Klagen gegen die Isentalautobahn zurück und lässt ebenfalls wieder keine Revision zu. 2011 wird der A 94-Abschnitt bis Pastetten in Betrieb genommen, ein Jahr später ist die A 94 von Osten her bis Heldenstein herangerückt.
Im April 2012 ist es so weit: Der bayerische Umweltminister Marcel Huber (CSU) kommt zum symbolischen Spatenstich für die Isentalautobahn. Die Finanzierung ist noch nicht gesichert, aber die Großbrücke über die Lappach bei Dorfen wird schon mal gebaut. Bald darauf wird bekannt, dass der Bund die Isentalautobahn in sogenannter öffentlich-privater Partnerschaft bauen lassen will. Nach einem Bieterverfahren geht der Zuschlag für 1,1 Milliarden Euro an ein privates Autobahnkonsortium, das aus einem französischen und einem niederländischen Konzern sowie einer Passauer Baufirma bestehet. 2016 beginnen die Bauarbeiten, die nun, Ende September 2019, gut einen Monat früher als geplant fertig sind.