Was den umstrittenen Brennernordzulauf betrifft, so stand die Regierungskoalition schon Ende Januar in Gestalt zweier Minister geschlossen da: Verkehrsministerin Kerstin Schreyer (CSU) und Wirtschaftsminister Hubert Aiwanger (FW) hatten in Rosenheim das Ergebnis des Raumordnungsverfahrens für das Großprojekt vorgestellt und mehrmals betont, dass sich die Notwendigkeit zweier zusätzlicher Bahngleise Richtung Tirol und Italien erst noch erweisen müsse. Jetzt haben CSU und FW dem Landtag einen gemeinsamen Dringlichkeitsantrag vorgelegt. Die Staatsregierung solle den Bund zu einer neuen Machbarkeitsstudie auffordern. In der solle untersucht werden, ob sich die bestehenden und die neuen Gleise nicht auch unterirdisch im Berg Wildbarren kreuzen können. Die Bahn hält trotzdem an ihrem Zeitplan fest und will nach Ostern eine Trasse vorstellen.
Die sogenannten Verknüpfungsstellen zwischen alten und neuen Gleisen sind für die Planer entscheidend, um mehr transalpinen Güterverkehr auf die Schiene zu bringen, schnellere Personenverbindungen zu schaffen und zugleich den Nahverkehr im Inntal zu verbessern. Allerdings brauchen vier parallel geführte und mit Weichen verbundene Gleise sehr viel Platz im engen Inntal bei Niederaudorf, wo Bürger und Politik die Gleise daher im Wildbarren verschwinden lassen wollen. Dies entspräche auch der Anregung der Regierung im Raumordnungsverfahren, noch mehr Tunnellösungen zu suchen, um Anwohner und Landschaft zu schonen.
Eine Verknüpfungsstelle im Wildbarren hat die Bahn nach eigenen Angaben aber schon 2020 geprüft und verworfen, weil sich Personen- und Güterzüge aus Sicherheitsgründen nicht im Tunnel begegnen dürften. Eine neue Studie, die vom Bund beschlossen werden müsste, hätte laut einem DB-Sprecher "zunächst keinen Einfluss auf den Fortgang des Projektes".
Einen Bundestagsbeschluss und die Finanzierung der teuren Tunnel vorausgesetzt, könnte der bayerische Brennerzulauf frühestens 2040 fertig sein - 27 Jahre nach dem Tiroler Abschnitt und wohl zehn Jahre nach dem Brennerbasistunnel. Viele Lokalpolitiker und über ein Dutzend Bürgerinitiativen halten eine neue Trasse aber für überflüssig. Im Landtag stellte die FDP dem Antrag von CSU und FW einen eigenen entgegen, wonach sich die Staatsregierung zum viergleisigen Ausbau bekennen solle.