Die zwei großen Kirchen in Bayern erhalten nach wie vor Staatsleistungen als Ausgleich für Enteignungen in der Zeit der Säkularisation in den Jahren 1802 und 1803. Doch aus Sicht der Staatsregierung ist diese Praxis überholt. Indes: Eine Ablösung dieser Staatsleistungen sei zwar wünschenswert, doch derzeit kaum umzusetzen, sagte eine Sprecherin des Kultusministeriums am Wochenende. Es gebe "angesichts der zu erwartenden Höhe der Ausgleichsbeträge" augenblicklich "keine realistische Option" dafür.
Wie die Sprecherin betonte, habe der Freistaat alleine im vergangenen Jahr rund 96 Millionen Euro an Staatsleistungen an beide große Kirchen bezahlt. Den weitaus größeren Teil habe die katholische Kirche erhalten. Zudem seien rund 33 Millionen Euro für den Erhalt kirchlicher Gebäude ausgegeben worden. In den 96 Millionen Euro an Staatsleistungen seien ungefähr 60 Millionen Euro für "Zuschüsse zur Besoldung der Seelsorgegeistlichen" enthalten. Rund die Hälfte davon fließe in die Vergütung von kircheneigenem Personal, das an staatlichen Grund-, Haupt- und Förderschulen Religionsunterricht erteilt.
Der Freistaat ist durch "historisch begründete Rechtsverhältnisse" zu Staatsleistungen an die Kirchen verpflichtet. Das Königreich Bayern hatte sich im Jahre 1817 in einem Konkordat mit dem Heiligen Stuhl zu Ausgleichszahlungen verpflichtet, die im Bayerischen Konkordat von 1924 fortgeschrieben und seither durchaus immer wieder einmal verändert wurden. Mit der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Bayern wurde 1924 ein vergleichbarer Vertrag abgeschlossen. So ist zum Beispiel auch festgelegt, dass der Freistaat die Besoldung und die Ruhestandsbezüge der katholischen Bischöfe und der jeweiligen Domkapitel sowie in Teilen auch jene des evangelischen Landeskirchenrates übernimmt.
Außerdem ist der Freistaat heute für die Baulast etlicher kirchlicher Immobilien verantwortlich. Aktuell bestehe diese noch an mehr als 900 kirchlichen Gebäuden, vor allem an Pfarrkirchen und Pfarrgebäuden, heißt es aus dem Kultusministerium. In Verhandlungen mit den Kirchen sei aber etwa erreicht worden, dass man zum Beispiel der katholischen Kirche nicht mehr so viele staatseigene Gebäude kostenlos zur Nutzung überlassen müsse.